olika typer av mutationer

Vilka typer av punktmutationer (single nucleotide variants) finns det

• missense mutation

• nonsense mutation

• silent mutation (synonymous)

• readthrough mutation

• splice site mutation

Vilka typer av insertioner och deletioner finns det

• frameshift mutation

• in-frame indel

Missense mutation

• en bas ändras => kodar för annan aminosyra

• kan vara neutral, skadlig eller gain-of-function

• ex AAA => AGA (Lys => Arg)

Nonsense mutation

• en bas ändras => kodon blir stoppkodon

• ger trunkerat protein => ofta loss of function

• ex TGG => TGA (Trp => STOP)

Silent mutation (synonymous)

• bas ändras men aminosyran blir samma

• beror på kodon-degenerering

• ex GAA => GAG (båda Glu)

Readthrough mutation

Ett stoppkodon muteras till ett aminosyra-kodon => translation fortsätter

Splice site mutation

• Mutation i GT-AG splice-donor/acceptor

• ger exon skipping, intron retention eller frameshift

Frameshift mutation

• insertion/deletion av ej mutipel av 3 nt

• läseram förskjuts => helt nytt protein + ofta tidigt STOP

In-frame indel

• insertion/deletion av multipel av 3 nt

• aminosyror läggs till/tas bort men läsramen bevaras

Duplication

• en sekvens kopieras => två kopior

• kan ge överuttryck eller förlängda proteiner

Deletion

En större bit DNA försvinner => ofta loss-of-function

Inversion

• DNA sekvens vänds 180°

• kan bryta gener eller ändra reglering

Translokation

• DNA flyttas mellan kromosomer

• kan skapa fusionsgener (tex BCR-ABL)

Copy number variation (CNV)

stora regioner dupliceras eller raderas => påverkar genmängd

Promotor mutation

Påverkar transkriptionsnivåer (ökar/minskar)

Enhancer/silencer mutation

Ändrar genens uttryck i specifika celltyper

Operator mutation

Repressor kan inte binda => konstitutivt uttryck

UTR-mutation (5’ eller 3’)

Påverkar translationseffektivitet, mRNA-stabilitet

Gain of function

Proteinet blir aktivt utan signal

Loss of function

Proteinet tappar funktion

Dominant negative

Muterat protein stör det normala (tex p53)

Vad är skillnaden på silent och missense mutation

• silent => samma aminosyra

• missense => annan aminosyra

Vad är skillnaden på missense och nonsense mutation

• missense => byter aminosyra

• nonsense => STOP (TAA, TAG, TGA)

Vad finns det för STOP kodon

• TAA

• TAG

• TGA

Transitions

Pyrimidine är ersatt av en annan pyrimidine tex T => C

eller purine är ersatt av annan purine tex A=> G

Transversions

En bas ersätter en annan av en annan typ tex pyrimidine ersätter en purine