Bio molto 3

BAC

cromosoma artificiale batterico derivato dal plasmide F di E. coli

YAC

cromosoma artificiale di lievito progettato per comportarsi come un cromosoma eucariotico

BAC capacità inserto

fino a circa 300 kb

YAC capacità inserto

fino a 1-2 Mb

Vantaggio dei cromosomi artificiali

clonaggio di grandi regioni genomiche

oriS

origine di replicazione del BAC

repE

gene che controlla inizio della replicazione e numero di copie del BAC

parA e parB

geni coinvolti nella segregazione del BAC durante la divisione cellulare

Screening blu/bianco

metodo per distinguere cloni ricombinanti tramite lacZ

Gene sacB

gene di selezione negativa che rende i batteri sensibili al saccarosio

ARS negli YAC

origine di replicazione del lievito

CEN negli YAC

centromero necessario alla segregazione cromosomica

TEL negli YAC

telomeri che proteggono le estremità del DNA

URA3

marcatore metabolico usato nei lieviti per selezionare cellule trasformate

DNA ligasi

enzima che forma legami fosfodiesterici tra frammenti di DNA

T4 DNA ligasi

ligasi più usata nel clonaggio molecolare

Sticky ends

estremità coesive complementari che facilitano la ligazione

Blunt ends

estremità piatte ligate con minore efficienza

Isocaudameri

enzimi diversi che producono estremità coesive compatibili

Linker

oligonucleotidi sintetici che introducono siti di restrizione

TA cloning

tecnica che sfrutta adenine aggiunte dalla Taq polimerasi ai prodotti PCR

Multiple cloning site (MCS)

regione plasmidica contenente numerosi siti di restrizione

Clonaggio in frame

mantenimento corretto della cornice di lettura durante fusione proteica

Frammento di Klenow

porzione della DNA polimerasi I priva di attività esonucleasica 5’→3’

Fosfatasi alcalina

enzima che rimuove i fosfati 5’ impedendo l’autoriligazione del vettore

Genoteca

collezione di cloni contenenti frammenti genomici diversi

Ibridazione molecolare

appaiamento complementare tra acidi nucleici

PNK

enzima che trasferisce il fosfato γ dell’ATP all’estremità 5’ del DNA

Random priming

tecnica di marcatura che usa esameri casuali e Klenow

Nick translation

tecnica che marca DNA tramite DNasi I e DNA polimerasi I

Clonaggio molecolare

inserimento e replicazione di un frammento di DNA in un vettore

Clonazione biologica

produzione di un organismo geneticamente identico a un altro

Pecora Dolly

primo mammifero clonato da cellula somatica adulta

lacZ

gene reporter che codifica per β-galattosidasi

ONPG

substrato della β-galattosidasi che produce composto giallo

X-gal

substrato della β-galattosidasi che produce precipitato blu

Luciferasi

enzima reporter che produce bioluminescenza

GFP

proteina fluorescente verde usata come gene reporter

HeLa

linea cellulare immortalizzata derivata da carcinoma della cervice uterina

Lipofezione

tecnica di trasferimento DNA tramite lipidi cationici

Elettroporazione

tecnica che usa impulsi elettrici per permeabilizzare la membrana

Trasfezione transitoria

espressione temporanea di DNA non integrato

Trasfezione stabile

integrazione stabile del DNA nel genoma cellulare

Effetto di posizione genomica

variazione dell’espressione dovuta al sito di integrazione del transgene

Site-directed mutagenesis

tecnica PCR per introdurre mutazioni specifiche in plasmidi

DpnI

enzima che digerisce DNA metilato wild type

Overlap extension PCR

tecnica di mutagenesi su DNA lineare tramite frammenti sovrapposti

Sequenziamento Sanger

metodo basato su terminazione della catena con ddNTP

ddNTP

nucleotide privo di gruppo 3’-OH che interrompe la sintesi del DNA

Elettroferogramma

rappresentazione grafica dei picchi fluorescenti nel sequenziamento

Saccharomyces cerevisiae

organismo modello eucariotico semplice

Caenorhabditis elegans

nematode usato per studi sui microRNA

Drosophila melanogaster

organismo modello per genetica e sviluppo

Danio rerio

pesce zebra usato per studi di sviluppo

Mus musculus

principale organismo modello mammifero

Arabidopsis thaliana

organismo modello vegetale

DNase I footprinting

tecnica che identifica siti di legame DNA-proteina

EMSA

tecnica che studia interazioni DNA-proteina tramite shift elettroforetico

Supershift

rallentamento ulteriore del complesso DNA-proteina tramite anticorpo

RT-qPCR

tecnica quantitativa per analizzare espressione genica da RNA

Northern blot

tecnica per rilevare RNA tramite ibridazione

Southern blot

tecnica per rilevare DNA tramite ibridazione

FISH

ibridazione fluorescente in situ su cromosomi

Operone

insieme di geni procariotici controllati da un unico promotore

Regione -10

sequenza promotrice batterica ricca in A-T

Regione -35

sequenza promotrice riconosciuta dal fattore sigma

Fattore sigma

subunità che dirige la RNA polimerasi ai promotori

Regolazione negativa

repressione della trascrizione da parte di un repressore

Regolazione positiva

attivazione della trascrizione da parte di un attivatore

Allosteria

cambiamento conformazionale di una proteina indotto da un effettore

lacI

gene regolatore che codifica il repressore dell’operone lac

lacZ funzione

codifica β-galattosidasi

lacY funzione

codifica permeasi del lattosio

lacA funzione

codifica transacetilasi

Allolattosio

vero induttore dell’operone la