3.Transkrypcja, regulacja transkrypcji u Eukaryota

Miejsce transkrypcji DNA to miejsce …

+1

Promotor znajduje się … sekwencją kodującą

przed

Ważnymi elem. promotora są elementy …, które budują …

cis, promotor podstawowy

Do elementów cis promotora wiążą się …

czynniki transkrypcyjne

W skład promotora wchodzą też elementy …

bliskie

Do elementów bliskich zaliczają się … i …

enchancer, silnecery

Transkrypcję katalizują …

polimerazy RNA zależne od DNA

Polimeraza RNA I znajduje się w … i tworzy …

jąderku

duże prekursory rRNA

Polimeraza RNA II znajduje się w … i tworzy … (4)

nukleoplazmie

mRNA, snoRNA, większość snRNA, miRNA

Polimeraza RNA III znajduje się w …, gdzie tworzy … (3)

nukleoplazmie

tRNA, 5S rRNA, część snRNA

Promotor polimerazy RNA II ma ok. … bp długości

60

Elementy powyżej sekwencji wchodzące w skład promotora: … (6)

blok TAATA

inr

BRE

---

blok GC

blok CAAT

TATA box jest rozpoznawany przez czynnik …

TFIID

inr posiada miejsce … i jest rozpoznawany przez 2 podjednostki czynnika … (TAF1,2)

+1

TFIID

Element BRE jest rozpoznawany przez czynnik …

TFIIB

Do bliskch elem. promotorowych należą … i …

blok GC, blok CAAT

Elementy poniżej miejsca transkrypcji (przepisywane na RNA): … (3)

DPE, MTE, DCE

DPE działa tylko w obecności … i jest rozpoznawany przez 2 podjednostki czynnika …

inr, TFIID

MTE w połączeniu z … stymuluje … i jest rozpoznawany przez czynnik …

inr, aktywność transkrypcyjną, TFIID

DCE jest wiązany przez czynnik …

… transkrypcję genów zawierających TATA box

TFIID

wzmacnia

Do elem. regulatorowych dalekiego zasięgu należą: … (5)

enchancery

silencery

insulatory

LCR

MAR

Funkcja enchancerów: …

wzmacnia transkrypcję

Funkcja silencerów: …

wyciszają transkrypcję

Funkcja insulatorów: …

Mogą blokować enchancery i silencery

wyznacza granicę między hetero- i euchromatyną

Funkcja LCR (rejony locus): …

wzmacniają ekspresję genów

Funkcja MAR: …

organizacja chromatyny na domeny zwiększające dostępność czynnikom transkrypcyjnym

W skład maszynerii transkrypcyjnej wchodzą … (3)

polimeraza RNA II (ma aktywność egzounkleotyczną)

czynniki podstawowe transkrypcji (rozpoznają promotor i rozplatają nić)

mediator (kompleks białkowy przenoszący sygnałowe z aktywatora/represora na polimerazę)

W obrębie Rb1 polimeraza zawiera domenę …, której defosforylacja Ser … i … włącza aktywność polimerazy RNA II

CTD, 2,5

Do aktywności polimeraza RNA II wymaga też …

Mg2+

Proces powstawania kompleksu preinicjatorowego i inicjatorowego (7)

-TFIID rozpoznaje TATA box

-Przyłączenie TFIIB i F

-Przyłączenie mediatora

-Przyłączenie TFIIE i H (helikazowy, ma kinazę fosforylującą CTD) poniżej elem. polimerazy

-helikaza rozplata nić

-fosforylacja domen Ser polimerazy

-polimeraza wychodzi z miejsca inicjacji i zaczyna przepisywać nić

-czynniki TFIID zwykle zostają, żeby tworzyć nowy kompleks inicjatorowy

Cechy czynników transkyrpcyjnych: … (2)

konfromacja trans (wiążą się z DNA)

-regulują przyłaczanie innych czynników, polimeraz, i ich aktywności

Te czynniki muszą mieć…, które pozwalają im wchodzić i wychodzić z jądra

sygnały lokalizacji jądrowej

Działanie czynników transkrypcynych

Czynniki dzielą się na …, które … i …, które …

Aktywatory (aktywują transkrypcję)

Represorowe (blokują transkrypcję

Koaktywatory wzmacniają, a korepresory tłumią transkrypcję przez oddz. białko-białko

Oba elementy nie wiążą się z …

DNA

Klasa 1 ko-elem. odpowiada za …

chemiczne modyfikacje chromatyny (np. acetylacja, metylacja)

Klasa 2 ko-elem. odpowiada za …

remodeling chrormatyny

Remodeling polega na …

rozplataniu i kondensacji DNA zaleznej od ATP

Działania remodelingowe:

-ślizg (zmiana pozycji histony względem DNA)

-remodeling (większa dostępność mimo obecności histonów)

-usuwanie

-zmiana (wymiana rdzenia nukleosomu)

Powstawanie kompleksu transkrypcyjnego odbywa się na modelu łączonym, który łączy modele … i …

-stopniowy (kaskada zdarzeń)

-holoE-mowy (przypadkowe oddz. I dysocjacje między białkami)

Za aktywność sprawdzającą prawidłowe wstawianie NTP odpowiada … z udziałem … i …

Pol II RNA

2 jony Mg2+

TFIIS

W jądrze pre-mRNA dojrzewa poprzez … (3)

dołączenie capu na 5`

przecięcie i wydłużenie 3` o ogon poly(A)

usuwanie intronów w splicingu

cap 1 występuje u …

cap 2 występuje u … i …

cap 3 występuje u …

drożdż

roślin, bezkręgowców

kręgowców

Proces powstawania capu: … (3)

-Trifosfataza RNA odłącza 1 z 3 grup PO4 3- na 5`

-Guanylotransferaza przyłącza GMP

-potrójne wiązania fosforanowe nie są rozpoznawane przez egzonukleazy

-Metylotransferaza przenosi -CH3 z S-adenozynometioniny na pozycję 7 G

cap 3 zawiera … grupy metylowe: … na guaninie i … na … kolejnych zasadach

3, 1, 2, 2

Funkcja capu: … (3)

ochrona przed nuklazami 5`

zwiększa stabilność

Proces powstawania poly(A): (3)

-Wykrycie sekwencji AAUAA=cięcie przez CSPF (czynnik cięcia i polyadenylacji)

-cięcie frag. Bogatego w GU na końcu 3` przez endonukleazy

-polimeraza poly(A) dodaje 100-250 AMP

-nie wymaga matrycy (!)

U ssaków tylko … nie jest poliadenylowane

pre-mRNA dla histonów

Introny mogą kodować … i ...

snoRNA

miRNA

W wycinaniu intronów biorą udział … składające się z … i …

spliceosomy

5 cz. RNA+200 cz. białek

Introny autokatalityczne klasy I są inicjowane przez …+…

guanozynę, nukleotyd guanidynowy

Introny autokatalityczne klasy II są inicjowane przez …

powstanie kompleksu lassa

I.Nukleotyd guanozylowy atakuje miejsca granic intronu i egzonu, co powoduje oddzielenie obu

II.Introny tworzą strukturę pętli ułatwiającą estryfikację wiązań

Skład splicosomu: … (2)

200 białek

5 RNA (U1,2,4,5,6 snRNP)

Splicosom+snRNA tną pre-mRNA w miejscach charakterystycznych

Introny … mają inne sekwencje charakterystyczne i są cięte przez inne spliceosomy

U12

Splicing alternatywny polega na …, ale także (2) …

Regulowany przez wzmacniacze i wyciszacze splicingu

łączeniu egzonów na różne sposoby

wydłużanie i skracanie exonów

pozostawianie intornów

Trans-splicing polega na …

Jest ważny w powstawaniu …

łaczeniu exonów transkryptów różnych genów

tRNA

Redakcje posttranskrypcyjne i ich E: … (3)

Adenozyna>inozyna (deaminaza adenozyny ADAR)

Cytydyna>urydyna (deaminaza cytydynowa)

Insercja U (endorybonukleazy, terminalna transferaza urydylowa, 3→5 U-specyficzna egzorybonukleaza

W redakcji biorą udział …

snoRNA

Klasy snoRNA: … (2)

-C/D (2`-O-metylacja rRNA)

-H/ACA (pseudourydylacja rRNA)

Funkcje miRNA: … (2)

rozcinanie mRNA

blokowanie transkrypcji

Proces powstawania miRNA: … (5)

-synteza przez polimerazę RNA II jako spinka (pri-miRNA)

-przycięcie nici (pre-miRNA)

-wyrzucane do cytoplazmy przez eksportynę 5

-Dicer ucina bańkę spinki

-kompleks RISC wybiera 1 nić którą użyje przyłączenia do mRNA

-przyłączenie=degradacja mRNA przez egzonukleazy

mRNA w cytoplazmie może zostać: … (3)

przetranslatowane

przechowywane w cytoplazmie

zdegradowane:

-miRNA

-od 3=deadenylaza usuwa ogon poly(A)na końcu 3`

-od 5=E deakapujące DCP1, 2 usuwają cap z końca 5`

-przedwczesny kodon STOP przed translacją

Transport dojądrowy białek ztranslatowanych w cytoplazmie odbywa się przez … dla … i … dla … (3)

pory jądrowe (małe cz.)

aktywny transport przez NPC (bialka jądrowe, RNA, rybonukleiny)

Karioferryny to …

białka R-owe pośredniczące w transporcie z jądra (eksportyny) i do jądra (importyny)

NF-kappaB powoduje … po związaniu z …

aktywację transkrypcji, białkami jądrowymi