5.27

Kokia yra mikroorganizmu identifikavimo reiksme?

– Nustatoma identifikuoto mikroorganizmo klinikinė reikšmė (t.y. ar išskirta mikroorganizmų kultūra yra patogeninė, ar kontaminacijos rezultatas);

– Parenkama paciento gydymo taktika;

– Parenkamas tinkamiausias antimikrobinis gydymas;

– Nustatoma, ar išskirta bakterijų padermė nėra atsparesnė antimikrobinėms medžiagoms nei būdinga šiai bakterijų rūšiai;

– Įvertinama, ar identifikuotos bakterijos nekelia pavojaus kitiems stacionarizuotiems pacientams, visuomenei ar laboratorijos, gydančiam personalui;

– Atliekama epidemiologinių duomenų analizė, siekiant kontroliuoti sukėlėjo plitimą, perdavimą

Kokie yra mikroorganizmu identifikavimo metodai?

• Mikroskopinis;

• Bakteriologinis, virusologinis, mikologinis;

• Imunologinis;

• Masių spektrometrija;

• Fermentinės sistemos;

• Biologinis;

• Genetinis (molekulinis)

Kokios yra bakteriju identifikavimo sistemos?

1. Identifikavimo sistemos pagrįstos bakterijų genotipinėmis savybėmis;

2. Identifikavimo sistemos pagrįstos bakterijų fenotipinėmis savybėmis

Kas nustatoma genotipiniu identifikavimu?

• genomo dalis

• Specifinis genas

• Tam tikros nukleorugsciu sekos budingos mikroorganizmo rusiai

Kas nustatoma molekulines (genotipines) identifikacijos metu?

- nustatyti ligos sukėlėjus tiesiogiai tiriamojoje medžiagoje,

- greitai identifikuoti išaugintus mikroorganizmus,

- nustatyti jų atsparumo antibiotikams genus,

- hospitalinių padermių tapatumą,

- mikroorganizmų populiacijų kintamumą

Molekuline diadgnostika -

mikroorganizmų (dažniausiai virusų) nukleorūgščių (DNR, RNR), tam tikrų genų tiriamojoje medžiagoje tapatumo nustatymas. ypač jautrus, specifiškas ir saugus

Kas yra specifiskumas ir jautrumas molekuliniame identifikavime?

Specifiškumas- procentas nesergančių liga pacientų, kuriems sukėlėjų identifikavimo testas yra neigiamas;

Jautrumas– procentas sergančių liga pacientų, kuriems sukėlėjo identifikavimo testo rezultatas yra teigiamas

Kokios yra molekulinės diagnostikos identifikavimo reakcijos?

I. HIBRIDIZACIJOS genų zondais metodas;

II. “PIRŠTŲ A TSP AUDŲ” (Restriktazės) metodas;

III. AMPLIFIKACIJOS metodas;

a) Polimerazės grandininė reakcija (PGR),

b) RT– PGR,

c) Ligazės grandininė reakcija (LGR),

d) Šakotos DNR analizė (bDNAAssay)

Kuo pagristas fenotipinis identifikavimas?

pagrįstas nežinomų bakterijų fenotipinių (fizinių ir/arba metabolinių) savybių analize bei palyginimu su tipinės kultūros fenotipinėmis savybėmis

Kas analizuojama fenotipinio identifikavimo metu?

genų produktus, o ne pačius genus

Kas nustatoma fenotipinio identifikavimo metu (kriterijai)?

• morfologines savybes

• Jiems budingi metaboliniai procesai

• Bakterijų morfologija ir dažymosi ypatybės;

• Makroskopinė kolonijų morfologija, kvapas ir pigmentacija, hemolize;

• Augimui reikalingi aplinkos veiksniai;

• Fermentinės savybės

• Mitybiniai poreikiai ir medžiagų apykaitos pobūdis;

• Atsparumas, jautrumas antimikrobinėms medžiagoms;

• Antigeninė sandara

Kas padeda mikroskopiskai ivertinti bakteriju morfologija?

Dazymas gramo budu

Kas vertinama vertinant kolonijas?

• kvapas

• Spalva (pigmentas)

• Pavirsiaus vaizdas

• pokyčiai, kuriuos sukelia kolonijų augimas standžioje mitybinėje terpėje

• Augimo salygos

Kokie testai apliekami vieno fermento nustatymui?

katalazės testas dažniausiai naudojamas gramteigiamų bakterijų identifikavimo sistemose, (stafilokokai +, streptokokai ir enterokokai -)

oksidazės testas - gramneigiamų bakterijų identifikavimo sistemose (Enterobacteriales šeimos, Stenotrophomonas maltophilia ir Acinetobacter spp. - oksidazės testas yra neigiamas, o Pseudomonas spp., Aeromonas spp. Neisseria spp. - oksidazė teigiama)

Kaip interpretuojamas katalazes testas?

- greitas putojimas (burbuliukų susidarymas), sumaišius bakterijų koloniją su vandenilio peroksido tirpalu, yra vertinamas kaip teigiamas testas,

- nesukėlimas putojimo arba silpnas putojimas vertinamas kaip neigiamas katalazės testas

Kaip atliekamas oksidazes testas?

Oksidazės buvimą galima nustatyti užpilant 1 % tetrametil-p-fenilendiamino dihidrochloridu bakterijų kolonijas ant agaro paviršiaus arba dalį bakterijų kolonijos įtrinant ant filtrinio popieriaus, impregnuoto reagentu.

Teigiamą reakciją rodo purpurinės spalvos atsiradimas

Kaip atliekamas ureazes reakcija?

Ureazė hidrolizuoja šlapalą į amoniaką, vandenį ir anglies dioksidą. Fermento buvimas nustatomas sėjant bakterijas į sultinį arba agarą, kurio anglies šaltinis yra šlapalas.

Amoniakas padidina terpės pH, todėl jo buvimas lengvai aptinkamas naudojant pH indikatorių. Terpės pH pokytis yra įprastas medžiagų apykaitos procesų rodiklis ir, kadangi pH indikatoriai keičia spalvą didėjant (šarmėjant) arba mažėjant (rūgštėjant) terpės pH, jie naudojami daugelyje identifikavimo sistemų.

Kas identifikuojama ureazes testu?

Helicobacter pylori, Enterobacteriales rūšis, tokias kaip Proteus spp.

Kaip atliekamas plzmokoagulazes testas?

• Į mėgintuvėlį su EDTA paveikta triušio plazma įnešama tiriamos bakterijos ir inkubuojama;

• Vertinama plazmos koaguliacija;

Kas identifikuojama plazmokoagulazes testu?

Staphylococcus aureus– išskiria plazmokoagulazę

Identifikavimo sistema paprastai susideda iš keturių pagrindinių komponentų: (bakteriologinis metodas)

• Metabolinių substratų ir augimo inhibitorių parinkimo ir rinkinio sudarymo;

• Inkubacijos, reikalingos substrato panaudojimui ar augimo veiksnių poveikiui stebėti;

• Metabolinio aktyvumo įvertinimo;

• Metabolinių reakcijų įvertinimo ir palyginimo su nustatytų žinomų bakterijų rūšių duomenų bazėse esančia informacija, padedančia atlikti galutinį identifikavimą iki rūšies

Nuo ko priklauso bakteriju identifikavimo rinkini sudaranciu testu skaicius ir tipai?

- identifikuojamų bakterijų rūšies,

- izoliuotos bakterijų kultūros klinikinės reikšmės

- patikimų tyrimo metodų prieinamumo.

Kokiom kulturom naudojamos identifikavimo sistemos?

Tik grynoms

Nuo ko priklauso inkubacijos trukme?

priklauso nuo to, ar substrato panaudojimui reikalingas bakterijų dauginimasis (t.y. bakterijų dauginimusi pagrįsti testai), ar nereikalingas (nuo bakterijų augimo nepriklausomi testai)

Kas naudojama substrato sunaudojimo produktams nustatyti? (Nustatyti skirtingiems galutiniams medz apykaitos produktams)

• kolorimetrijs - spalvos pokycio vertinimas

• Fluorescencija - fluorescencijos intensyvumo matavimas

• Turbidimetrija - drumstumo matavimai

Kaip analizuojami substrato sunaudojimo profilio duomenys?

Kompiuterio oagalba - duomeni konvertihami i skaitmenini koda

Kas priklauso nuo tiriamos medz pobudzio?

• ar bakterijos bus identifikuojamos

• Identifikuojamu sukeleju skaicius

Koks yra pagr reikalavimas visoms identifikavimo sistemoms?

identifikuojama tik gryna bakterijų kultūra. Identinfikuojant mišrią (kelių bakterijų rūšių) kultūrą, gaunami klaidinantys rezultatai.

Nuo ko priklauso laikas reikalingas bakteriju identifikavimui?

Inkubacijos trukmes

Koks yra daugumos kliniskai svarbiu bakteriju generacijos laikas?

20-30 min

Kokia yra lazerines desorbcines jonizacijos masiu spektrometrijos esme?

Tiriamosios medžiagos molekulės pirmiausia jonizuojamos, o po to nustatoma jonizuotų molekulių ir/ar jų fragmentų masė

Kas sudaro amsiu spektometrus?

jonų šaltinio,

masės analizatoriaus

jonų detektoriaus

Kokie yra fenotipiniu metodu apribojimai?

• Nėra galimybės išauginti tam tikriems augimo veiksniams reiklių patogenų;

• Sudėtinga palaikyti kai kurių patogenų gyvybingumą mėginiuose transportavimo į laboratoriją metu;

• Palyginti ilga kultivavimo trukmė ir ilgas lėtai augančių patogenų identifikavimas;

• Trūkumas patikimų metodų, leidžiančių nustatyti tam tikrus, mikroorganizmus, auginamus in vitro;

• Dideli laiko ir finansiniai ištekliai indikuojant ir identifikuojant patogenus mėginiuose

Kokie yra fenotipiniu savybiu nustatymo metodai?

- Mikrokopija;

- Bakteriologis, virusologinis, mikologinis tyrimo metodai;

- Masių spektrometrija;

- Antigenų nustatymas;

- Fermentinės sistemos

Kuo yra paremtas imunologinis tyrimo metodas?

identifikuojamo mikroorganizmo antigeno-antikūno sąveika. Norint identifikuoti bakterijas, galima nustatyti jų antigeninę struktūrą.

Kokie yra imunologiniai tyrimo metodai?

- Serologinė diagnostika- nustatomi antikūnai kraujo serume, rečiau likvore;

- Microorganismų antigenų tiriamojoje medžiagoje nustatymas;

- Ląstelinio imuniteto nustatymas - alergologinė diagnostika

Kokios yra imunologines reakcijos?

• Agliutinacijos;

• Precipitacijos;

• Komplemento sujungimo;

• Radioimuninės;

• Imunofluorescencijos;

• Imunofermentinės