Tecnologie Biochimiche e Cellulari - Revisione Completa

Flashcards vocabulary che coprono i concetti fondamentali di tecnologie biochimiche e cellulari, dal clonaggio all'analisi proteica e cellulare.

Proteina ricombinante

Una proteina ottenuta da un organismo ospite che trascrive e poi traduce in polipeptide una sequenza di DNA ricombinante.

ORF (Open Reading Frame)

Sequenza di DNA codificante, limitata da un codone di inizio e uno di termine, necessaria per la produzione della proteina d'interesse.

Tag (Etichetta)

Sequenza genica aggiuntiva coniugata alla sequenza della proteina d'interesse per facilitarne il rilevamento, la purificazione o migliorarne la solubilità.

N-glicosilazione

Modifica post-traduzionale che prevede l'addizione di oligosaccaridi sul gruppo amminico dell'asparagina; agisce come segnale di secrezione per la proteina.

cDNA (DNA complementare)

DNA derivato dall'mRNA maturo per mezzo dell'enzima trascrittasi inversa, privo di sequenze introniche.

Vettore di espressione

Molecola di DNA circolare (plasmide) contenente elementi come promotore, terminatore e marker di selezione, necessaria per l'espressione del gene in un organismo ospite.

Enzimi di restrizione

Endonucleasi che riconoscono specifiche sequenze bersaglio (solitamente palindromiche di $4-8$ nucleotidi) e tagliano il DNA producendo estremità piatte o coesive.

T-A cloning

Tecnica di clonaggio rapida basata sulla capacità della Taq polimerasi di lasciare una singola Adenina all'estremità $3'$ del prodotto di PCR.

MCS (Multiple Cloning Site)

Regione del vettore che contiene una serie di sequenze bersaglio riconosciute da diversi enzimi di restrizione.

Ponti disolfuro

Legami zolfo-zolfo tra amminoacidi che permettono alla proteina di assumere la corretta struttura terziaria (folding).

Spazio periplasmatico

Regione tra la membrana interna ed esterna nei batteri Gram-negativi, ottimale per la formazione dei ponti disolfuro nelle proteine secrete.

Promotore inducibile

Sequenza di DNA che attiva la trascrizione del gene a valle solo in presenza di uno specifico induttore chimico, consentendo un controllo temporale della produzione proteica.

IPTG

Molecola sintetica analoga all'allolattosio utilizzata per indurre la trascrizione in sistemi basati sull'operone Lac.

Corpi di inclusione

Aggregati proteici citoplasmatici insolubili costituiti da forme denaturate della proteina ricombinante.

Cromatografia di affinità

Tecnica di purificazione che sfrutta interazioni specifiche e reversibili tra una proteina (es. dotata di His-tag) e un ligando (es. ioni nickel $Ni^{2+}$ o biotina/streptavidina).

Centrifugazione differenziale

Metodo di frazionamento subcellulare che separa gli organelli in base al loro coefficiente di sedimentazione tramite velocità e tempi di centrifugazione crescenti.

Salting out

Precipitazione proteica mediante l'aggiunta di alte concentrazioni di sali (solitamente solfato di ammonio $(NH_4)_2SO_4$) che distruggono i clatrati d'acqua attorno ai domini idrofobici.

Clatrati

Organizzazioni ordinate di molecole di acqua che si formano di fronte ai domini idrofobici delle proteine, proteggendoli dall'aggregazione.

Punto Isoelettrico ($pI$)

Il valore di $pH$ al quale una proteina non possiede alcuna carica netta (bilanciamento tra cariche positive e negative).

Scambiatore Anionico

Fase stazionaria cromatografica funzionalizzata con gruppi carichi positivamente che lega molecole con carica netta negativa (anioni).

EMSA (Electrophoretic Mobility Shift Assay)

Tecnica elettroforetica utilizzata per studiare l'interazione tra proteine e acidi nucleici, rilevando il rallentamento della migrazione del complesso rispetto al DNA libero.

SDS-PAGE

Elettroforesi su gel di poliacrilammide in presenza di sodio dodecilsolfato, un detergente che denatura le proteine e conferisce loro una carica negativa proporzionale alla massa.

Isoelettrofocusing ($IEF$)

Tecnica elettroforetica che separa le proteine in un gradiente di $pH$ preformato esclusivamente in base al loro punto isoelettrico.

Elettroforesi bidimensionale ($2D$)

Metodo che combina l'isoelettrofocusing (prima dimensione) e l'SDS-PAGE (seconda dimensione) per separare le proteine in base a carica e massa.

Spettrometria di massa MALDI-TOF

Tecnica analitica per identificare proteine basandosi sul rapporto massa/carica ($m/z$) dei peptidi generati dalla digestione proteolitica.

Flusso elettrosmotico ($EOF$)

Flusso di liquido all'interno di un capillare di silice che trascina tutte le molecole verso il catodo quando viene applicato un alto voltaggio.

Ibridoma murino

Cellula immortale ottenuta dalla fusione di un linfocita B attivato con una cellula di mieloma, utilizzata per la produzione di anticorpi monoclonali.

Epitopo

Parte specifica di un antigene che entra in contatto con il sito di legame di un anticorpo (chiamata anche determinante antigenico).

Western Blotting

Tecnica che prevede il trasferimento delle proteine da un gel a una membrana di nitrocellulosa o PVDF per l'identificazione specifica mediante anticorpi.

ELISA Sandwich

Saggio immunochimico quantitativo che utilizza un anticorpo di cattura immobilizzato e un secondo anticorpo coniugato a un enzima per rilevare l'antigene.

Luminex xMAP

Tecnologia multiplex che utilizza microsfere colorate con diverse percentuali di fluorocromi per analizzare simultaneamente fino a $100$ analiti diversi.

FSC (Forward Scatter)

Parametro della citometria a flusso che misura la diffrazione della luce lungo l'asse di incidenza, correlato al diametro e alle dimensioni della cellula.

SSC (Side Scatter)

Parametro della citometria a flusso che misura la riflessione e rifrazione della luce a $90^{\circ}$, correlato alla granularità e complessità interna cellulare.

Risonanza Plasmonica di Superficie ($SPR$)

Fenomeno fisico alla base del BIAcore che rileva variazioni dell'indice di rifrazione alla superficie di un chip d'oro in seguito all'interazione tra ligando e analita.

Saggio MTT

Test colorimetrico per valutare la vitalità cellulare basato sulla riduzione del sale di tetrazolio giallo in cristalli di formazano viola da parte delle reduttasi mitocondriali.

BrdU (Bromodeossiuridina)

Analogo della timina incorporato nel DNA durante la fase $S$, utilizzato come marcatore nei saggi di proliferazione cellulare.