Proteines

Quelle est la différence de taille entre un peptide et une protéine ?

Peptide : inférieur à 50 aa. Protéine : supérieur à 50 aa.

Que désignent les lettres B et Z dans la nomenclature des aa ?

B : Aspartate (D) ou Asparagine (N). Z : Glutamate (E) ou Glutamine (Q).

Quels sont les acides aminés à chaîne latérale aliphatique (linéaire ou ramifiée) ?

Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine.

Quel acide aminé possède une chaîne latérale linéaire avec du soufre ?

La Méthionine.

Quel acide aminé possède une amine secondaire (cycle pyrrolidine) ?

La Proline.

Quels sont les acides aminés avec un noyau aromatique ?

La Phénylalanine et le Tryptophane.

Quels sont les aa polaires non ionisables à fonction alcool ?

La Sérine et la Thréonine.

Quels sont les aa polaires non ionisables à fonction amide ?

L'Asparagine et la Glutamine.

Quelle est la fonction particulière de la Cystéine ?

La fonction Thiol (-SH).

Quels sont les acides aminés à chaîne latérale non chargée ?

Cystéine, Tyrosine, Histidine.

Quels sont les acides aminés chargés positivement ?

La Lysine et l'Arginine.

Quelle fonction chimique particulière possède l'Arginine ?

Une fonction Guanidiniuim.

Quels sont les acides aminés chargés négativement ?

L'Aspartate et le Glutamate.

Sous quelle forme se trouve un acide aminé à son point isoélectrique (pHi) ?

Sous forme de Zwitterion (charge nette nulle).

Comment calcule-t-on le pHi des aa à chaîne latérale non ionisable ?

C'est la moyenne des pKa : (pK1 + pK2) / 2.

Quel est le pourcentage de charge à +/- 1 et 2 unités de pH par rapport au pK ?

À -2 unités : 99 % de forme chargée (+). À -1 unité : 90 % de forme chargée (+). (S'inverse pour les formes - au-dessus du pK).

Quelles sont les conditions de l'hydrolyse acide totale ?

6 mol/L de HCl, à 110°C, pendant 24 à 72 heures.

Quels sont les inconvénients de l'hydrolyse acide ?

Destruction du Tryptophane (W) et désamination des N en D et des Q en E.

Quelles sont les étapes préalables à l'hydrolyse acide ?

Séparation des sous-unités, réduction des ponts disulfure et alkylation des cystéines par l'iodoacétate.

Comment détermine-t-on l'acide aminé N-terminal par la méthode de Sanger ?

Marquage par le DNFB (liaison covalente avec l'alpha-aminé libre) puis hydrolyse libérant le premier aa couplé au dinitrophényl.

Comment identifie-t-on l'acide aminé C-terminal par voie chimique ?

Par hydrazinolyse : l'hydrazine coupe toutes les liaisons sauf la dernière (l'aa C-term reste intact).

Qu'est-ce que la dégradation d'Edman (N-terminal) ?

Réaction récurrente (max 70 cycles) utilisant le PITC pour former un PTC-polypeptide, puis hydrolyse au TFA pour libérer un PTH-acide aminé cyclique.

Quelle enzyme utilise-t-on pour l'identification récurrente du C-terminal ?

L'exocarboxypeptidase.

Où coupe la Trypsine ?

Du côté carboxyl (C-term) des résidus basiques : Arginine (R) et Lysine (K).

Où coupe la Chymotrypsine ?

Du côté C-term des résidus aromatiques : Tyrosine (Y), Tryptophane (W), Phénylalanine (F) (sauf si suivis d'une Proline).

Quelles sont les polarités en électrophorèse ?

Anode : Positive (+). Cathode : Négative (-).

Quelles sont les couleurs de révélation à la Ninhydrine ?

Pourpre (majorité des aa) et Jaune pour la Proline.

Quels sont les 7 acides aminés hydrophiles ?

Arginine, Aspartate, Glutamate, Histidine, Asparagine, Glutamine, Lysine.

Quels sont les acides aminés faiblement hydrophobes ?

Sérine, Thréonine, Glycine, Alanine, Cystéine, Proline.

Quels sont les acides aminés non solubles (hydrophobes) ?

Méthionine, Valine, Tryptophane, Tyrosine, Leucine, Isoleucine, Phénylalanine.

Comment fonctionne la chromatographie en phase inverse (phase stationnaire hydrophile) ?

Les acides polaires sont retenus et les apolaires se déplacent plus vite (révélation Ninhydrine).