Biochimie - Acides Aminés et Protéines

Flashcards de vocabulaire et de concepts clés sur la structure, la classification et les propriétés des acides aminés d'après le cours de Biochimie de Médisup Sciences.

Carbone $\alpha$ ($C_\alpha$)

Carbone adjacent au groupe carboxyle ($COO^-$) dans un acide aminé, hybridé de façon tétraédrique et lié à 4 groupements différents (sauf chez la glycine), ce qui le rend asymétrique.

Acides aminés protéinogènes

Ensemble des 21 acides aminés utilisés directement par les cellules pour la synthèse des protéines.

Acides aminés indispensables

Acides aminés ne pouvant pas être synthétisés par les cellules humaines et devant être apportés par l'alimentation (His, Leu, Thr, Lys, Trp, Phe, Val, Met, Ile).

Citrulline

Acide aminé du métabolisme intermédiaire non constitutif des protéines, participant au cycle de l'urée, et dont la fonction $NH_2$ n'est pas en position $\alpha$ par rapport au $COOH$.

Acides aminés amphipathiques

Acides aminés dont la chaîne latérale comporte à la fois des régions polaires (hydrophiles) et des régions apolaires (hydrophobes), leur permettant de former des interfaces entre l'eau et les lipides.

Tyrosine (Tyr)

Acide aminé amphipathique comportant un noyau phénol à faible acidité, capable de participer à des réactions d'oxydoréduction et présentant un pic d'absorbance à $275\,\text{nm}$.

Tryptophane (Trp)

Acide aminé le plus rare ($1\%$ des AAs), possédant un noyau indole instable absorbant à $280\,\text{nm}$, détruit par les acides minéraux et un chauffage à $100\,^\circ\text{C}$ pendant $24\,\text{h}$.

Glycine (Gly)

Seul acide aminé dépourvu de carbone asymétrique (molécule symétrique), dont le pouvoir rotatoire spécifique est nul ($[\alpha] = 0^\circ$).

Loi de Biot

Formule régissant le pouvoir rotatoire d'une solution d'acide aminé optiquement actif : $\alpha = [\alpha] \times l \times C$.

Pouvoir rotatoire spécifique ($[\alpha]$)

Constante physique mesurée à $25\,^\circ\text{C}$ et à une longueur d'onde de $589{,}3\,\text{nm}$ (raie D du sodium), exprimée en $^\circ \times \text{mL}/\text{g}/\text{dm}$.

Série L

Configuration stéréochimique dans laquelle le groupe $NH_3^+$ est situé à gauche du $C_\alpha$ en représentation de Fischer, caractéristique des acides aminés des eucaryotes.

Loi de Beer-Lambert

Loi décrivant l'absorbance d'une solution en spectrophotométrie : $A_\lambda = -\log(I/I_0) = \varepsilon \times l \times c$.

Interactions de London

Interactions de type dipôle instantané - dipôle instantané qui s'établissent entre les chaînes latérales des acides aminés apolaires/hydrophobes.

Zwitterion

Forme d'ion dipolaire possédant simultanément une charge positive et une charge négative ($COO^--CH-NH_3^+$), rendant la charge globale de la molécule nulle.

Point isoélectrique (pHi)

Valeur de pH pour laquelle un acide aminé existe majoritairement sous forme de zwitterion électriquement neutre.

Acide glutamique (Glu)

Acide aminé dicarboxylique à 5 atomes de carbone, représentant $9\%$ des AAs des protéines, dont le $pK_a$ de la chaîne latérale vaut $4{,}3$.

Acide aspartique (Asp)

Acide aminé dicarboxylique à 4 atomes de carbone, représentant $6\%$ des AAs des protéines, ayant un $pK_a$ de chaîne latérale de $4{,}0$ et un $pHi = 3{,}05$.

Histidine (His)

Acide aminé basique comportant un noyau imidazole dont le $pK$ est de $6{,}0$, lui permettant de fonctionner comme donneur/accepteur de proton au pH physiologique ($7{,}4$).

Arginine (Arg)

Acide aminé basique hydrophile contenant un noyau guanidinium très basique ($pK_B = 12{,}8$) dont la charge positive est stabilisée par délocalisation d'électrons.

Lysine (Lys)

Acide aminé basique amphipathique possédant une chaîne latérale composée de 4 $CH_2$ et d'une fonction amine terminale ($pK \approx 10{,}8$).

Sérine (Ser)

Acide aminé polaire non chargé à 3 atomes de carbone possédant un alcool primaire en $\beta$ ($CH_2-OH$), cible de phosphorylations régulatrices.

Pont disulfure

Liaison covalente très stable formée entre deux cystéines (formant la cystine) par oxydation de leurs groupements thiol ($-SH$).

Dithiothréitol (DTT)

Réactif dithiol cyclisable utilisé en excès pour réduire tous les ponts disulfures des protéines en thiols libres.

Protéine p53

Protéine protectrice du génome activée par phosphorylation de ses sérines, thréonines et tyrosines suite à une exposition aux rayons UV.