Biologie Cellulaire - Fiche de cours N°4 : Cytosol

Flashcards de vocabulaire basées sur la fiche de cours N°4 (UE 3 Biologie Cellulaire, Université Sorbonne Paris Nord) traitant du cytosol, de la traduction des protéines, des protéines chaperonnes, du système protéasome et des protéines G.

Cytosol (ou hyaloplasme)

Phase liquide translucide du cytoplasme occupant l'espace non pris par les organites, composée à $85\%$ d'eau, dans laquelle baignent les organites et le cytosquelette.

Fraction liquide du cytoplasme

Définition technique du cytosol, correspondant à la phase liquide obtenue après centrifugation de la cellule et élimination des organites.

Glycolyse

Voie métabolique de dégradation du glucose qui se déroule entièrement dans le cytosol selon un processus anaérobie (sans consommation d'oxygène).

Code génétique

Système de correspondance composé de $64$ codons (triplets de nucléotides) codant pour $20$ acides aminés, caractérisé par son universalité, sa dégénérescence et son absence de chevauchement.

Codons non-sens (codons stop)

Les trois codons (UAA, UGA, UAG) parmi les $64$ possibilités du code génétique qui ne peuvent pas être traduits en acides aminés et provoquent l'arrêt de la traduction.

Peptidyl-transférase

Enzyme portée par la grande sous-unité du ribosome, catalysant la formation d'une liaison amide (peptidique) entre le groupement $\text{COOH}$ d'un acide aminé et le groupement $\text{NH}_2$ d'un autre avec élimination d'une molécule d'eau.

Activation de l'amino-acyl

Réaction se déroulant en deux temps avant l'initiation, catalysée par l'amino-acyl-ARNt synthétase en présence d'$\text{ATP}$, couplant l'acide aminé (la méthionine) à son ARNt initiateur en $3'$.

eIF-2A

Facteur d'initiation associé au $\text{GTP}$ et à la petite sous-unité ribosomale ($40\text{S}$), se fixant avec le premier amino-acyl ARNt (méthionine-ARNt) au niveau du site P (peptidyle).

eEF1 (eucaryote Elongation Factor 1)

Ensemble de deux facteurs d'élongation intervenant avec du $\text{GTP}$ à chaque cycle d'élongation pour l'activation et la liaison de l'amino-acyl-ARNt dans le site A du ribosome.

eEF2

Facteur d'élongation responsable de la translocation du ribosome le long de l'ARNm, accompagnée de la consommation d'une molécule de $\text{GTP}$ par translocation d'un codon.

eRF (eucaryote Release Factor)

Produit de terminaison dont la structure tridimensionnelle est très proche de celle d'un ARNt, se liant au codon stop dans le site A pour provoquer l'hydrolyse du peptidyl-ARNt et la libération du peptide.

SRP (Signal Recognition Particle)

Facteur cytosolique spécialisé dans la reconnaissance de la séquence d'adressage des protéines destinées à être dirigées vers le réticulum endoplasmique.

Protéines chaperonnes (HSP)

Famille de protéines de stress (Heat Shock Proteins), de poids moléculaire variant de $10\,\text{kDa}$ à $110\,\text{kDa}$, possédant pour la plupart une activité ATPase et maintenant l'intégrité fonctionnelle et la conformation des autres protéines.

HSP70

Protéine chaperonne impliquée notamment dans le déshabillage (désassemblage) du manteau de clathrine et des protéines d'adaptation (adaptine) des vésicules d'endocytose via l'hydrolyse de l'$\text{ATP}$.

HSP90

Protéine chaperonne associée aux récepteurs nucléaires des hormones stéroïdes, dont la liaison maintient le récepteur sous forme inactive jusqu'à la fixation de l'hormone.

Protéasome

Complexe protéique oligomérique formé en barillet fonctionnant à $\text{pH}$ neutre dans le cytosol, existant sous des formes $20\text{S}$ et $26\text{S}$ ($1700\,\text{kDa}$, $45\,\text{nm}$ de long), responsable de la protéolyse intracellulaire.

Ubiquitine

Petite protéine chaperonne constitutive de $8{,}5\,\text{kDa}$ présente chez tous les eucaryotes, se fixant de façon covalente sur les résidus lysine des protéines pour les orienter vers la dégradation par le protéasome.

Enzyme E3 (Ubiquitine ligase)

Composante du système d'ubiquitinylation jouant un rôle prépondérant dans la reconnaissance spécifique et la sélection des protéines substrats à dégrader en analysant leur extrémité amino-terminale.

CMH de type I

Complexe majeur d'histocompatibilité se liant dans le réticulum endoplasmique aux peptides viraux issus de la dégradation partielle par le protéasome pour les présenter à la surface cellulaire aux lymphocytes T CD8+.

Grandes protéines G

Protéines hétérotrimériques composées de trois sous-unités ($\alpha$, $\beta$, $\gamma$), ancrées de façon permanente à la membrane par des résidus d'acides gras et couplées à des récepteurs à 7 domaines intramembranaires pour la transduction de signaux.

Dynamine

Petite protéine G monomérique cytosolique à activité GTPasique, intervenant dans l'endocytose en resserrant la vésicule pour fermer le col et permettre le détachement des cavéoles et des vésicules à clathrine.

Calmoduline

Protéine cytosolique capable de se lier à $4$ ions calcium ($\text{Ca}^{2+}$$), formant un complexe régulateur pivot dans de nombreuses voies métaboliques, notamment les réactions de phosphorylation/déphosphorylation.