Biochimie : L'eau, liaisons de faible énergie et acides aminés

Flashcards de vocabulaire couvrant les cours de biochimie sur l'eau, les liaisons de faible énergie, la structure, les propriétés et les applications analytiques des acides aminés.

Biochimie

Science qui traite de la constitution chimique des êtres vivants et des réactions chimiques dont ils sont le siège.

Biochimie structurale

Branche de la biochimie décrivant la formule chimique, la structure tridimensionnelle, les interactions et les relations structure/fonction des biomolécules.

Biochimie métabolique

Branche de la biochimie étudiant les voies de biosynthèse (anabolisme) et de dégradation (catabolisme), ainsi que les réactions chimiques et l'enzymologie associées.

Liaison hydrogène

Liaison non-covalente de faible énergie se formant entre un atome donneur électronégatif lié à un hydrogène et un atome accepteur électronégatif ($A-H \times B$).

Liaison ionique

Interaction d'attraction électrostatique entre deux molécules ou groupements porteurs de charges électriques opposées, valant environ $3\text{--}4\text{ kcal/mol}$ dans l'eau.

Forces de Van der Waals

Interactions électromagnétiques faibles (environ $0{,}1\text{ kcal/mol}$) s'exerçant entre atomes et dépendant fortement de la distance inter-atomique.

Interaction hydrophobe

Regroupement passif de molécules ou régions apolaires provoqué par la répulsion de l'eau, permettant d'optimiser le nombre de liaisons hydrogène entre molécules d'eau.

Acide aminé protéinogène standard

L'un des 20 acides $\frac{\text{d}}{\text{d}x}$ aminés (ou acides $\text{a}$-aminés) codés dans l'ADN génomique qui entrent dans la composition des protéines humaines.

Formule générale d'un acide $\text{a}$-aminé

Structure commune formée d'un carbone $\text{a}$ lié à un groupement carboxyle ($\text{-COOH}$), un groupement amine primaire ($\text{-NH}_2$), un hydrogène ($\text{-H}$) et une chaîne latérale variable ($\text{-R}$).

Acides aminés indispensables

Ensemble des 8 acides aminés que l'organisme humain ne peut pas synthétiser et qui doivent être apportés par la ration alimentaire (Leu, Ile, Lys, Met, Phe, Thr, Trp, Val).

Glycine

Le plus simple des acides aminés ($\text{R} = \text{H}$), seul acide aminé protéinogène dont le carbone $\text{a}$ n'est pas asymétrique (molécule non chirale).

Proline

Acide $\text{a}$-iminé possédant une fonction amine secondaire intracyclique, provoquant des changements de direction dans la chaîne peptidique.

Cystine

Dimère formé par l'oxydation de deux molécules de cystéine liées de manière covalente par un pont disulfure ($\text{-S-S-}$).

Racémisation

Passage réversible d'un énantiomère d'acide aminé à un autre ($\text{L} \rightleftharpoons \text{D}$), utilisé notamment pour la datation des fossiles via l'acide aspartique.

Spectrophotométrie à $280\text{ nm}$ ($A_{280}$)

Méthode de détection et de dosage des protéines basée sur l'absorption dans l'UV moyen par les radicaux aromatiques des acides aminés (Trp, Tyr, Phe).

Zwitterion

Forme ionisée dipolarisée d'un acide aminé au point isoélectrique ($pI$), comportant autant de charges positives que négatives pour une charge nette nulle ($Q = 0$).

Point isoélectrique ($pI$ ou $pHi$)

Valeur de pH de la solution pour laquelle la charge électrique nette ($Q$) d'une molécule amphotère est totalement nulle.

Équation de Henderson-Hasselbalch

Formule mathématique reliant le pH d'une solution au $pKa$ d'un couple acido-basique: pH = pKa + \tan\right(\frac{[\text{A}^-]}{[\text{AH}]}\right).

Ninhydrine

Réactif chimique réagissant avec les acides aminés pour les révéler en violet par colorimétrie, à l'exception de la proline qui colore en jaune.

Chromatographie par échange d'ions

Méthode de fractionnement séparant les acides aminés selon le signe et l'intensité de leur charge nette à un pH donné au moyen d'une résine chargée.

Électrophorèse sur papier

Technique de séparation basée sur la mobilité différentielle de molécules chargées soumises à un champ électrique sur un support poreux de papier imbibé d'un tampon.