RNR brendimas
Splaisosoma
splaisingo mašina, ribonukleoproteinas
Kokios dalelės sudaro splaisosomą?
5 snRNP
snRNP dalelių sudėtis
Savita U snRNR molekulė, 7 Sm baltymai
Sm baltymai
Visose dalelėse jų toks pats rinkinys, dalyvauja splaisingo valdyme, turi įnašos į branduolį signalą, palaiko snRNP integralumą.
U snRNR molekulės
• Įgyja savitą antrinę ir tretinę struktūrą; • Tiesiogiai dalyvauja atpažįstant splaisingo sritis; • Dalyvauja introno skėlimo ir egzonų jungimo reakcijoje;• Yra susijungę su baltymais snRNP dalelėse.
Montuojantis splaisosomai ir vykstant splaisingui, susidarantys tarpiniai kompleksai
E→A→B→Bact →B* → C →C* →P →ILS
B*
Kataliziškai aktyvintas kompleksas
C
I-os katalizinės reakcijos kompleksas
C*
II-os katalizinės reakcijos kompleksas
Splaisingo trans veiksniai
SR šeimos baltymai, heterologiniai branduolio baltymai, hnRNP.
Splaisingo chemija
dvi trans esterinimo reakcijos
E kompleksas
U1 snRNP jungiasi ties egzono, U2AF (heterodimeras) ir SF1 jungiasi prie polipirimidinų ruožo ir 3’ splaisingo srities, ATP nereikia
A kompleksas
U2 snRNP dalelė jungiasi ties šakojimosi sritimi, reikia ATP, išstumiamas adenino nukleotidas (A)
B kompleksas
Į splaisosomą įsijungia U5 ir U4 / U6 snRNP dalelės
B act vykstantys RNR-RNR sąveikų pokyčiai
• Disocijuoja U1 snRNP; • Suardomas U4-U6 snRNR dupleksas; • Susidaro naujos snRNR sąveikos; • Disocijuoja U4 snRNP
Splaisosomos aktyvusis centras
Metalo jonai M1 ir M2 prijungiami splaisosomos aktyviajame centre. Metalo jonas M2 dalyvauja aktyvinant nukleofilą I-ai, reakcijai, M1 jonas – 2-ai trans esterinimo reakcijai.
Prp8 baltymo vaidmuo
Didžiausias ir konservatyviausias U5 snRNP baltymas. Baltymo domenai sąveikauja ir su kitais splaisosomos komponentais per splaisingą
Kodėl yra alternatyvusis splaisingas?
transkriptomos ir proteomos įvairovės priežastis
Alternatyviam splaisinge, kur intronai yra paliekami?
augaluose, grybuose, pirmuonyse
Alternatyviam splaisinge, kur yra šalinami intronai kartu su egzonais?
aukštesniuosiuose eukariotuose
ESE
egzoniniai splaisingo stiprikliai
ISE
introniniai splaisingo stiprikliai
ESS
egzoniniai splaisingo slopikliai
ISS
introniniai splaisingo slopikliai
Splaisingo veiksniai
• SR baltymai; • hnRNP ribonukleoproteinai; • kiti nežinomi veiksniai.
Egzoniniai splaisingo stiprikliai (ESE) ir slopikliai (ESS)
• Dauguma stipriklių prijungia SR baltymus; • Dauguma slopiklių prijungia hnRNP.
Introniniai splaisingo stiprikliai (ISE) ir slopikliai (ISS)
• Prijungia NOVA šeimos splaisingo veiksnius (ISE); • Prijungia hnRNP (ISS).
SR (Ser-Arg) šeimos baltymai
daug Arg ir Ser (RS / SR pasikartojimai) C-gale, turi prijungiantį domeną RRM, jie atpažįsta cis sekas pre-iRNR molekulėse: egzoninius splaisingo stipriklius, ESE
hnRNP
Heterologiniai branduolio baltymai
Kas yra Heterologiniai branduolio baltymai?
Įvairūs baltymai, prisijungiantys prie pre-iRNR arba iRNR, per transkripciją arba po transkripcijos ir darantys įtaką splaisingo eigai
Splaisingo kelio pasirinkimas
Egzonų nustatymas ir Intronš nustatymas
Egzonų nustatymas
Splaisosoma susimontuoja ties egzonais. Vyrauja žmoguje, pelėje
Intronų nustatymas
Splaisosoma susimontuoja ties intronais. Vyrauja bestuburiuose, augaluose, grybuose
RNR redagavimas
Tai per transkripciją arba po transkripcijos vykstantys RNR transkripto nukleotidinės sekos keitimai, kuriais keičiamas RNR užkoduotos biologinės informacijos turinys.
Pagrindiniai RNR redagavimo tipai
Nukleotidų keitimas, sekų įterpimas (insercijos), sekų pašalinimias (delecijos)
Adenozino deaminazė
Atranki RNR duplekso atžvilgiu
RNR gidai (gRNR)
Įterpimo ir pašalinimo mechanizme dalyvauja 50–80 nt ilgio RNR molekulės
Redagavimas vyksta dalyvaujant baltymų kompleksui
editosomai
Transliacija
paskutinis biologinės informacijos perdavimo iš DNR etapas
Kodonas
Trijų nukleotidų seka iRNR molekulėje lemia amino rūgštį
Termiancijos kodonai
STOP kodonai
Iniciacijos kodonas
AUG – metioninas
STOP kodonai
UAA, UGA ir UAG
Perkodavimo fenomenas
nuokrypis nuo genetinio kodo
Selenocisteinas, Sec (U)
svarbi fermentų aktyvumui;
Sec koduoja ką?
UGA kodoną dėka perkodavimo
UGA kodonas koduoja?
L-piroliziną (ne transliacijos terminacijos kodonas)