metody terapii genowych - kolos 1 pytania

Które elementy są niezbędne do działania systemu CRISPR-Cas9?

Nukleaza Cas9, RNA kierujące oraz odpowiednia sekwencja PAM

Jaką funkcję pełni RNA kierujące w systemie CRISPR-Cas9?

Rozpoznaje sekwencje docelową DNA i kieruje do niej Cas9

Do metod fizycznych wprowadzenia informacji genetycznej do komórek in vitro zalicza się:

ultradźwięki, gdzie zjawisko kawitacji powoduje przejściowe naruszenie ciągłości

i wzrost przepuszczalności błony cytoplazmatycznej, umożliwiając wnikanie

cząsteczek plazmidowego DNA

Co nie jest cechą obcego wektora?

toksyczny dla komórek gospodarza

Szok cieplny jako metoda wprowadzania informacji genetycznej do komórek in vitro wykorzystuje:

jony Ca2+ i działanie niskiej temperatury

Uzupełnianka

Systemy TALEN i ZFN należą do metod edycji genomu wykorzystujących nukleazę

____FokI______, która powoduje przecięcie obu nici DNA. W systemie TALEN każda

jednostka rozpoznająca DNA odpowiada za rozpoznanie ____Jednego______ nukleotydu,

natomiast w systemie ZFN pojedynczy motyw palca cynkowego rozpoznaje zazwyczaj

sekwencję złożoną z _____3-4_____ nukleotydów.

Klucz odpowiedzi: FokI, jednego, 3-4

Co dzieje się z materiałem genetycznym podczas transfekcji przejściowej?

DNA może pozostawać w formie episomalnej, umożliwiając czasową ekspresję transgenu, a jego ilość może zmniejszać się podczas podziałów komórkowych.

Który z poniższych zestawów zawiera cechy, które NIE są pożądane u dobrego wektora w terapii genowej?

Toksyczność dla komórek i niska wydajność w transfekcji

Która metoda modyfikacji ekspresji genu prowadzi do zmniejszenia poziomu mRNA lub białka bez wprowadzania zmian w sekwencji DNA genomu?

Knock-down

Który z wymienionych lipidów kationowych, będący monokationową cząsteczką opartą na czwartorzędowej soli amoniowej, wchodzi w skład Lipofektyny?

DOTMA

Dendrymery to cząsteczki wykorzystywane w transferze materiału genetycznego i farmakoterapii, definiowane jako:

rozgałęzione struktury zawierające specjalne, charakterystyczne grupy funkcyjne zdolne do wiązania substancji (np. leków lub kwasów nukleinowych).

W wektorze ekspresyjnym obecność sekwencji IRES (Internal Ribosome Entry Site) umożliwia:

Translację drugiego genu w plazmidzie policistronowym w sposób niezależny od czapeczki 5'.

Co oznacza tropizm wektora wirusowego?

Preferencję zakażenia określonych komórek lub tkanek

W którym cyklu namnażania wirusa, jego namnożenie powoduje rozpad komórki?

cykl lityczny

Która z poniższych cech charakteryzuje adenowirusy wykorzystywane jako wektory do przenoszenia materiału genetycznego do komórek?

Ich materiałem genetycznym jest dwuniciowe DNA, a materiał genetyczny

wektora zazwyczaj nie integruje się z genomem komórki gospodarza.

Co jest charakterystyczną cechą wirusów AAV?

wykazują stałą ekspresję episomalną lub integrują się w stałym miejscu na chromosomie 19.

Która z poniższych cech najlepiej opisuje wektory adenowirusowe wykorzystywane w terapii genowej?

Mogą transdukować komórki dzielące się i niedzielące, a ich genom zazwyczaj pozostaje w formie episomalnej.

Jaki materiał genetyczny mają wirusy AAV?

Jednoniciowe DNA

Które regiony genomu usunięto w wektorach adenowirusowych pierwszej generacji?

E1, E3

Wektory trzeciej generacji cechują się największą pojemnością upakowania, ponieważ:

usunięto niemal wszystkie sekwencje wirusowe, zachowując jedynie te niezbędne do replikacji DNA i upakowania wirusa.

Jaki element sekwencji loxP odpowiada bezpośrednio za nadanie jej kierunkowości (orientacji), determinując rodzaj rekombinacji (delecja vs. inwersja)?

Asymetryczny region centralny (rdzeniowy) o długości 8 pz

Ile cząsteczek rekombinazy Cre wchodzi w skład aktywnego kompleksu rekombinacyjnego przeprowadzającego reakcję między dwoma miejscami loxP?

4 monomery (tetramer)

Jaką rolę w technologii wytwarzania bezresztkowych (gutless) wektorów adenowirusowych III generacji odgrywa układ rekombinacji Cre-loxP?

Wycina sygnał pakowania ψ z wirusa pomocniczego

Która technika oczyszczania wektorów AAV wykorzystuje wysokie, swoiste powinowactwo kapsydu serotypu 2 (AAV2)?

Chromatografia na złożu z heparyną

Która cecha odróżnia lentiwirusy od pozostałych klasycznych retrowirusów gamma pod względem transdukcji komórek docelowych?

Zdolność do wydajnej infekcji komórek niedzielących się

W jaki sposób linia komórkowa HEK-293 umożliwia namnażanie wektorów adenowirusowych I generacji?

Posiada zintegrowany region E1 genomu adenowirusa

W jaki sposób dendrymery poliamidoaminowe ułatwiają polifekcję i chronią wprowadzany materiał genetyczny?

posiadają sferyczną strukturę z dodatnimi grupami aminowymi, a zwinięcie wokół nich DNA chroni go przed nukleazami

dodatnie grupy aminowe kondensują DNA, a powstały polipleks jest odporny na działanie DNAzy i niszczenie w endosomach

Jaki efekt daje modyfikacja strukturalna oligonukleotydów TFO polegająca na zastąpieniu wiązań fosfodiestrowych wiązaniami fosforoamidowymi?

zmienia ładunek ujemny na kationowy, co zwiększa powinowactwo do DNA i skraca wymaganą długość celowanego fragmentu

dodatni ładunek TFO ułatwia wiązanie z ujemnie naładowanym DNA, redukując minimalne wymagane miejsce wiązania z 15-30 pz do 10 pz

Jaka jest rola sekwencji IRES (*Internal Ribosome Entry Site*) w konstrukcji plazmidów policistronowych?

umożliwia translacja RNA 2 genu terapeutycznego w sposób niezależny od czapeczki 5’