Hoorcollege 2 microben

complex medium

medium met veel voedingsstoffen, slecht gedefinieerd, vb: LB

enriched medium

complex medium met blood components

defined/synthetic medium

medium met goed gedefinieerde voedingsstoffen, vb: M9

selective medium

medium dat selecteert op een organisme

autotroph

microben die CO2 fixeren en hieruit koolstof voor organische moleculen halen

heterotroph

microben die voorgevormde organische moleculen gebruiken om andere organische moleculen te vormen

phototroph

microben die licht als energiebron gebruiken

chemotroph

microben die redoxreacties als energiebron gebruiken

litotroph

chemotrophs die anorganische moleculen als elektronenbron gebruiken

organotroph

chemotrophs die organische moleculen als elektronenbron gebruiken

reinkultuur

verzameling microben die afstammen van één cel

OD600

optische dichtheid bij 600 nm

viable count

manier om aantal kolonies te tellen dmv verdunningen

FACS/Flow cytometry

technologie die cellen kan onderscheiden op grootte en vorm

different growth phases

lag (blijvend laag), log (groeiend), stationary (blijvend hoog), death (dalend)

Generation time/doubling time

verdubbelingstijd van een populatie

Nt \= No x 2n

formule om aantal cellen te berekenen adhv aantal generaties

batch culture

vloeibaar medium in gesloten systeem, effecten van environmental changes onderzoeken

continuous culture

medium waarin cellen een steady state bereiken, bacteriële fysiologie onderzoeken

chemostaat

apparaat dat logaritmische groei in een continuous culture verzekert door het toevoegen/verwijderen van medium

biofilm

laag met hechte structuur vol microben, vb: tandplak

Pseudomonas aeruginosa (cystic fibrosis)

soort biofilm

endospores (Bacilli, Clostridia)

capsule rondom DNA bacterie, gevormd bij omgevingsstress door bacilli en clostridia

heterocysts (Cyanobacteria)

gedifferentieerde cellen in cyanobacteria N fixeren of fotosynthese uitvoeren, zo wordt N en O gescheiden

fruiting body (Myxococcus (gliding motility))

structuur die endospores vormt, 'glijdt' als vorm van transportatie, vb: Myxococcus xanthus

substrate/aerial hyphae (Streptomyces)

wortels in de grond/lucht

extremophiles

microben die in extreme omgevingen leven

psychrophiles

microben die tussen 0 en 20 graden leven

mesophiles

microben die tussen 15 en 45 graden leven

thermophiles

microben die tussen 40 en 80 graden leven

barophiles

microben die bij hoge druk leven

halophiles

microben die bij hoge zoutconcentraties leven

acidophiles

microben die tussen 0 en 5 pH leven

neutralophiles

microben die tussen 5 en 8 pH leven

alkaliphiles

microben die tussen 9 en 11 pH leven, vb: in soda/alkaline meren

aerobes

microben die O2 gebruiken

anaerobes

microben die geen O2 gebruiken

strict (obligate) aerobes

microben die alleen in O2 kunnen leven

strict (obligate) anaerobes

microben die niet in O2 kunnen leven

facultative (an)aerobes

microben die met/zonder O2 kunnen leven

microaerophiles

microben die alleen bij minder O2 leven

aerotolerant anaerobes

anaeroben die in O2 kunnen leven

Pasteurization

manier om voedsel langer te bewaren door het kort te verhitten, meerdere tijd-temperatuur combinaties mogelijk

antiseptic

steriliserend

aseptic

steriel

physical & chemical sterilization/sanitation

hoge temperaturen (evt autoclave incl druk), pasteurization, filtration, irradiation (straling), antiseptics

3 ways to become resistant

genetische resistentie, restrictie endonucleases, CRISPR integratie van faag DNA

biocontrol

microbe gebruiken om andere microbe te onderdrukken

probiotics

microben die darmflora ondersteunen

phage therapy

gebruik van bacteriofagen om pathogenen te doden

horizontal gene transfer

overdracht van genetisch materiaal tussen twee organismen

natural transformation (genetic competence)

opname van vrij DNA uit omgeving

Agrobacterium tumefaciens

bacterie die DNA in plant injecteert, gebruikt voor genetische modificatie

transduction

bacteriofagen verplaatsen DNA van een cel naar een andere cel

genomic island (pathogenicity, fitness (resistance), symbiosis)

deel van DNA dat ontstaan lijkt door horizontal gene transfer, oa voor pathogeniciteit, resistentie en symbiose

phase variation

afwisselen van uiterlijk om minder goed herkend te worden door immuunsysteem

quorum sensing (auto inducer)

proces start alleen als veel bacteriën samenwerken en veel autoinducer wordt herkend

bioluminescence (lux operon, LuxR, luciferase)

bacteriën produceren samen licht, LuxR (eiwit dat autoinducer bindt) activeert transcriptie lux operon/luciferase

4 processes involving quorum sensing

transformation, biofilm formation, bioluminescentie, virulentie

phylogenetic tree, small subunit rRNA

SSU rRNA kan gebruikt worden om stambomen te maken

Carl Woese (archaea)

ontdekte archaea als apart domein

methanogens

microbe die methaan produceert

unique to archaea (lipid, DNA/RNA replication)

archaea zijn niet pathogeen, geen lipid bilayer maar verbonden monolayer, RNA/DNA polymerase als eukaryoten

bacteriophages global role

virussen helpen in de koolstofkringloop

plaques

aantal gelyseerde cellen, veel bacteriofagen aanwezig

capsid

deel van bacteriofaag dat faaggenoom bevat

lytic cycle

bacteriofaag doodt gastheercel, lysis vindt plaats

lysogenic cycle

bacteriofaag is rustig, doet mee met bacteriële cyclus, faaggenoom repliceert

temperate phage

bacteriofaag in lysogenic cycle

prophage

bacteriofaag in chromosoom in gastheercel

restriction modification system

verdedigingssysteem tegen vreemd DNA (vb: uit bacteriofaag), maakt vreemd DNA kapot

endonuclease

knipt DNA

methylase

methyleert DNA

CRISPR system

bacterieel immuunsysteem, CRISPR-Cas knipt viraal DNA kapot, drie stadia: spacer aquisition, crRNA processing en effect