complex medium
medium met veel voedingsstoffen, slecht gedefinieerd, vb: LB
enriched medium
complex medium met blood components
defined/synthetic medium
medium met goed gedefinieerde voedingsstoffen, vb: M9
selective medium
medium dat selecteert op een organisme
autotroph
microben die CO2 fixeren en hieruit koolstof voor organische moleculen halen
heterotroph
microben die voorgevormde organische moleculen gebruiken om andere organische moleculen te vormen
phototroph
microben die licht als energiebron gebruiken
chemotroph
microben die redoxreacties als energiebron gebruiken
litotroph
chemotrophs die anorganische moleculen als elektronenbron gebruiken
organotroph
chemotrophs die organische moleculen als elektronenbron gebruiken
reinkultuur
verzameling microben die afstammen van Ć©Ć©n cel
OD600
optische dichtheid bij 600 nm
viable count
manier om aantal kolonies te tellen dmv verdunningen
FACS/Flow cytometry
technologie die cellen kan onderscheiden op grootte en vorm
different growth phases
lag (blijvend laag), log (groeiend), stationary (blijvend hoog), death (dalend)
Generation time/doubling time
verdubbelingstijd van een populatie
Nt = No x 2n
formule om aantal cellen te berekenen adhv aantal generaties
batch culture
vloeibaar medium in gesloten systeem, effecten van environmental changes onderzoeken
continuous culture
medium waarin cellen een steady state bereiken, bacteriƫle fysiologie onderzoeken
chemostaat
apparaat dat logaritmische groei in een continuous culture verzekert door het toevoegen/verwijderen van medium
biofilm
laag met hechte structuur vol microben, vb: tandplak
Pseudomonas aeruginosa (cystic fibrosis)
soort biofilm
endospores (Bacilli, Clostridia)
capsule rondom DNA bacterie, gevormd bij omgevingsstress door bacilli en clostridia
heterocysts (Cyanobacteria)
gedifferentieerde cellen in cyanobacteria N fixeren of fotosynthese uitvoeren, zo wordt N en O gescheiden
fruiting body (Myxococcus (gliding motility))
structuur die endospores vormt, 'glijdt' als vorm van transportatie, vb: Myxococcus xanthus
substrate/aerial hyphae (Streptomyces)
wortels in de grond/lucht
extremophiles
microben die in extreme omgevingen leven
psychrophiles
microben die tussen 0 en 20 graden leven
mesophiles
microben die tussen 15 en 45 graden leven
thermophiles
microben die tussen 40 en 80 graden leven
barophiles
microben die bij hoge druk leven
halophiles
microben die bij hoge zoutconcentraties leven
acidophiles
microben die tussen 0 en 5 pH leven
neutralophiles
microben die tussen 5 en 8 pH leven
alkaliphiles
microben die tussen 9 en 11 pH leven, vb: in soda/alkaline meren
aerobes
microben die O2 gebruiken
anaerobes
microben die geen O2 gebruiken
strict (obligate) aerobes
microben die alleen in O2 kunnen leven
strict (obligate) anaerobes
microben die niet in O2 kunnen leven
facultative (an)aerobes
microben die met/zonder O2 kunnen leven
microaerophiles
microben die alleen bij minder O2 leven
aerotolerant anaerobes
anaeroben die in O2 kunnen leven
Pasteurization
manier om voedsel langer te bewaren door het kort te verhitten, meerdere tijd-temperatuur combinaties mogelijk
antiseptic
steriliserend
aseptic
steriel
physical & chemical sterilization/sanitation
hoge temperaturen (evt autoclave incl druk), pasteurization, filtration, irradiation (straling), antiseptics
3 ways to become resistant
genetische resistentie, restrictie endonucleases, CRISPR integratie van faag DNA
biocontrol
microbe gebruiken om andere microbe te onderdrukken
probiotics
microben die darmflora ondersteunen
phage therapy
gebruik van bacteriofagen om pathogenen te doden
horizontal gene transfer
overdracht van genetisch materiaal tussen twee organismen
natural transformation (genetic competence)
opname van vrij DNA uit omgeving
Agrobacterium tumefaciens
bacterie die DNA in plant injecteert, gebruikt voor genetische modificatie
transduction
bacteriofagen verplaatsen DNA van een cel naar een andere cel
genomic island (pathogenicity, fitness (resistance), symbiosis)
deel van DNA dat ontstaan lijkt door horizontal gene transfer, oa voor pathogeniciteit, resistentie en symbiose
phase variation
afwisselen van uiterlijk om minder goed herkend te worden door immuunsysteem
quorum sensing (auto inducer)
proces start alleen als veel bacteriƫn samenwerken en veel autoinducer wordt herkend
bioluminescence (lux operon, LuxR, luciferase)
bacteriƫn produceren samen licht, LuxR (eiwit dat autoinducer bindt) activeert transcriptie lux operon/luciferase
4 processes involving quorum sensing
transformation, biofilm formation, bioluminescentie, virulentie
phylogenetic tree, small subunit rRNA
SSU rRNA kan gebruikt worden om stambomen te maken
Carl Woese (archaea)
ontdekte archaea als apart domein
methanogens
microbe die methaan produceert
unique to archaea (lipid, DNA/RNA replication)
archaea zijn niet pathogeen, geen lipid bilayer maar verbonden monolayer, RNA/DNA polymerase als eukaryoten
bacteriophages global role
virussen helpen in de koolstofkringloop
plaques
aantal gelyseerde cellen, veel bacteriofagen aanwezig
capsid
deel van bacteriofaag dat faaggenoom bevat
lytic cycle
bacteriofaag doodt gastheercel, lysis vindt plaats
lysogenic cycle
bacteriofaag is rustig, doet mee met bacteriƫle cyclus, faaggenoom repliceert
temperate phage
bacteriofaag in lysogenic cycle
prophage
bacteriofaag in chromosoom in gastheercel
restriction modification system
verdedigingssysteem tegen vreemd DNA (vb: uit bacteriofaag), maakt vreemd DNA kapot
endonuclease
knipt DNA
methylase
methyleert DNA
CRISPR system
bacterieel immuunsysteem, CRISPR-Cas knipt viraal DNA kapot, drie stadia: spacer aquisition, crRNA processing en effect