PW : Chemie und Datenbanken Theorie

Welches Verfahren, dient nicht zur Strukturaufklärung von Small Molecules?
o Dünnschichtchromatographie (DC)
o Surface Plasmon Resonance (SPR)
o Mikrokalorimetrie
o High Performance Liquid Chromatographie (HPCL)
o Gaschromatographie (GC)

Welches Verfahren, dient nicht zur Strukturaufklärung von Small Molecules?
o Dünnschichtchromatographie (DC)
o Surface Plasmon Resonance (SPR)
o Mikrokalorimetrie
o High Performance Liquid Chromatographie (HPCL)
o Gaschromatographie (GC)

Welches Verfahren ist nicht zur Strukturauflösung von Small Molecules?
o Gaschromatographie
o IR-Spektroskopie (IR)
o Massenspektroskopie (richtig wäre: Massenspektrometrie (MS))
o Surface Plasmon Resonance

Welches Verfahren ist nicht zur Strukturauflösung von Small Molecules?
o Gaschromatographie
o IR-Spektroskopie (IR)
o Massenspektroskopie (richtig wäre: Massenspektrometrie (MS))
o Surface Plasmon Resonance

Welche Methoden sind zur Trennung von small molecules geeignet ?

• Filtrieren, Zentrifugieren, Ausschütteln

• Durch Chromatographie (Dünnschichtchromatographie (DC), Gaschromatographie (GC), High Perfoarmce Liquid Chromatographie(HPLC))

• Elektrophorese

• Oder Kombination aus GC- MS

Welche Methoden sind geeignet um Small Molecules zu identifizieren ?

Infrarotspektroskopie (IR)

Massenspektrometrie (MS)

Kernresonanzspektroskopie (NMR)

Röntgenstrukturanalyse (X-Ray)

Welche dieser Aussagen trifft nicht zu?
o Elektrophorese ist eine Verteilung zwischen Gasphase und Säulenmaterial
o Enthalpie ist ein Maß für den Grad der Unordnung von Materie und Energie
o Bei K>>1 ist das Gleichgewicht seitens der Produkte

Welche dieser Aussagen trifft nicht zu?
o Elektrophorese ist eine Verteilung zwischen Gasphase und Säulenmaterial
o Enthalpie ist ein Maß für den Grad der Unordnung von Materie und Energie
o Bei K>>1 ist das Gleichgewicht seitens der Produkte

Was trifft nicht zu?
o Elektrophorese baut auf einer Trennung im elektrischen Feld auf
o Enthalpie ist ein Maß für die Unordnung
o K<<1 ist das Gleichgewicht seitens der Edukte
o ΔG>0 ist eine endergone Reaktion

o Elektrophorese baut auf einer Trennung im elektrischen Feld auf
o Enthalpie ist ein Maß für die Unordnung
o K<<1 ist das Gleichgewicht seitens der Edukte
o ΔG>0 ist eine endergone Reaktion

Was bedeutet Enumeration Reaktionsbasiert?

Kombination durch Multiplikation

Trennung von Small Molecules, welche Verfahren sind geeignet?

• Dünnschichtchromatographie (DC)

• Gaschromatographie (GC)

• High Performance Liquid Chromatographie (HPLC)

• Elektrophorese

• Kombination: GC-MS (Gaschromatographie gekoppelt mit einem Massenspektrometer)

Nenne verschiedene Möglichkeiten wie man eine Strukturaufklärung von Small molecules macht!

• Infrarotspektroskopie (IR)

• Massenspektrometrie (MS)

• Kernresonanzspektroskopie (NMR)

• Röntgenstrukturanalyse (X-Ray)

MC: Welche Methoden nicht geeignet um Small Molecules zu identifizieren ?

• Dünnschichtchromatographie

• Kernresonanzspektroskopie

• Massenspektrometrie

Dünnschichtchromatographie

Formel für die Berechnung Gibbs Energie

Aus welche Substrukturen besteht Morphin?

Datenbanken zur Recherche chemischer Struktur + biologischer Aktivität.

• PubChem

• ChEMBL

Graue Literatur Beispiele

- interne Dokumente
- Konferenzberichte
- unveröffentliche Bachelor-/Masterarbeiten 

Graue Literatur Definition 

Quellen, die nicht von einem Verlag veröffentlicht wurden 

Informationsgewinnung

• Lehrveranstaltungen 

• Literatur (Primär-, Sekundär-, Tertiär-, Graue Literatur)

• Datenbanken

• Foren

• ChatGPT /BARD

• blogs 

MC: Primärliteratur – ankreuzen, was dazugehört:
o Originalarbeiten
o Gliederung in Methoden
o Übersichtsartikel
o Zusammenstellungen mehrerer Quellen

MC: Primärliteratur – ankreuzen, was dazugehört:
o Originalarbeiten
o Gliederung in Methoden
o Übersichtsartikel
o Zusammenstellungen mehrerer Quellen

MC: Was findet man in SciFinder?
o 3D-Struktur von Proteinen
o Molekülstruktur
o 3D-Struktur von Biomolekülen
o Proteinsequenzen

MC: Was findet man in SciFinder?
o 3D-Struktur von Proteinen
o Molekülstruktur
o 3D-Struktur von Biomolekülen
o Proteinsequenzen

MC: Wo informiert man sich schnell zu einem Thema?
o Proteindatenbank
o Reviews
o Originalarbeit

MC: Wo informiert man sich schnell zu einem Thema?
o Proteindatenbank
o Reviews
o Originalarbeit

Nenne alle relevanten Open Access Datenbanken.

alle außer Scifinder CAS

Open Data vs. Open Access

Merksatz 💡:

• Open Data = Daten offen

• Open Access = Texte offen

Open PHACTS

alles verknüpft 

Primärliteratur Beispiele

• Diplomarbeiten

• Dissertationen

• Zeitschriftenartikel

• Originalarbeiten

• Patente

• Konferenzbeiträge 

• Fortschrittsberichte 

Primärliteratur Definition 

= Erstveröffentlichung wissenschaftlicher Forschungsergebnissen d. Autoren 
=> Präsentation v. Originaldaten & ihre Interpretation-  Reproduzierbarkeit!! 
(nur Neues!) 

Primärliteratur Gliederung 

• Abstract: Zusammenfassung; Forschungsfrage

• Introduction: Wissensstand; Problem; Relevanz

• Methods: Studiendesign; Vorgehen; Datenbanken; Zeitpunkte; nachvollziehbar

• Results: Daten, Tabellen, Grafiken; deskriptiv

• Discussion: Interpretation; Vergleich; Bedeutung; Limitationen

• References: Literaturverzeichnis

• Supplementary Material: Zusatzmaterial (Tabellen, Daten, Grafiken) separat

Reviews vs. Lehrbücher

• Reviews: sehr differenziert, viel aus Originalarbeiten

• Lehrbücher: keine Garantie auf Vollständigkeit, auch viele Referenzen 

Sekundärliteratur Beispiele

• Übersichtsartikel

• Reviews

• Fachbücher, Monographien (nicht aktuell, schwer zugänglich) 

• (- Bachelorarbeit = primär & sekundär) 

Tertiärliteratur Beispiele

• Lehrbücher

• Enzyklopädien, Lexika

• Sachbücher für Laien 

UniProt enthält nicht nur _________, sondern Proteine aus ______________.

UniProt enthält nicht nur menschliche Proteine, sondern Proteine aus allen Organismen.

Was findet man auf ChEMBL ?

Bioaktivitäten 

Was findet man auf Chemspider?

Isomere , Trivialnamen, Strukturen wie Proteine

Was findet man auf PubChem?

chemische VB und ihre biologische Aktivitäten

Was findet man auf Scifinder ?

chemische Substanzen, Reaktionen, Patenten und Literatur (NICHT Open Access und beste Coverage von chemischen Datenbanken ) + mit PubMed verknüpft.

Was findet man auf Uniprot ?

Proteinsequenzen und Funktionen aus verschie. Quellen zusammengeführt.

Was zählt als Primärliteratur?
o  Patente
o  Fachbücher
o  Lehrbücher
o  Enzyklopädien

Was zählt als Primärliteratur?
o  Patente
o  Fachbücher
o  Lehrbücher
o  Enzyklopädien

Welche Datenbanken nutzt man, um biologische Aktivitäten anzusehen?

ChEMBL und PubChem

Welche Literaturart liest man, wenn man möglichst schnell Infos braucht?

Sekundärliteratur (v. a. Übersichtsartikel/Reviews), weil sie Inhalte zusammenfasst und schnell einen Überblick gibt 📚✨

Welches Journal liefert experimentelle Protokolle zu biologischer Aktivität?

Journal of Medicinal Chemistry.

Wo findet man biologische Daten ?

ChEMBL und PubChem

Wo findet man chemische VB?

Scifinder und Chemspider

Wo findet man die Proteindatenbank?
Lehrbuch
UniProt
Chembl
PDB

Uniprot , PDB

Wo findet man Proteine ?

Uniprot und PDB = Protein Data Bank

Molekulargewicht von Acetylsalicylsäure

180 g/mol

Molekulargewicht von Salicylsäure

138 g/mol

Molekulargewicht : Iod

127

Molekulargewicht : Brom

80

Molekulargewicht : H

1

Molekulargewicht : C

12

Molekulargewicht : N

14

Molekulargewicht : O

16

Molekulargewicht : F

19

Molekulargewicht : P

31

Molekulargewicht : S

32

Molekulargewicht : Cl

35