Databanken

GenBank

Primaire

Drie delen

• CoreNucleotide: nucleotidesequenties van verschillende bronnen
• dbEST: vanaf mRNA cDNA aanmaken en dan sequentie van cDNA (= expressed sequence tags = EST) in GenBank plaatsen (voordat menselijk genoom was gesequeneerd)
• dbGSS: gelijkaardig aan dbEST maar dan met sequenties van genomische oorsprong i.p.v. cDNA

RefSeq (NCBI)

Afgeleide databank

o = referentiesequentiecollectie voor genomische, transcript- en eiwitsequenties
o Gecureerd
o Gebruikt info uit GenBank, ENA en DDBJ (= INSDC)
o Synthese van info uit primaire databanken met uitgebreide annotatie, duidelijke referenties en niet-redundant
o Ideaal voor genoomannotatie, genkarakterisering, comparative genomics, genexpressiestudies en rapporteren van sequentievariaties

EBI: UniProt KnowledgeBase (Proteïne sequentie databanken)

• Swiss-Prot: manueel gecureerde gegevens

• TrEMBL: computationele analyse in afwachting van manuele annotatie, tr = translated

• PIR = Protein Information Resource

protein (NCBI) (Proteïne sequentie databanken)

Bronnen: GenPept, RefSeq, Swiss-Prot, PIR, PRF (protein resource foundation) en PDB (proteindatabank)

PubMed

o = NLM’s (National Library of Medicine) bibliografische databank
o Indexering in MeSH (Medical Subject Headings) terms → indexeren van artikels
o PubMed ID = PMID
o Links naar PubMedCentral of tijdschriftwebsites voor online artikels
o PubMedCentral = gratis full-tekst archief

OMIM

o = Online Mendelian Inheritance in Man
o = Verzameling van humane genen, genetische ziektes en fenotypes
o Artikelen geschreven door experts en OMIM-personeel o.b.v. PubMed
o Namen en symbolen van stoornis en ziekten inbegrepen

dbSNP

o = verzameling van sequentievariaties en polymorfismen (SNP, deleties en inserties (DIP) en microsatellite repeat variations (STR))
o Geeft informatie over veelvoorkomende ziektes, medicijnreacties, complexe eigenschappen en fenotypes
o dbVar = grootschalige genomische variaties
o ClinVar = genomische variatie en relatie met menselijke gezondheid

Taxonomie

o = Gecureerde set namen van alle organismen die in GenBank voorkomen met minstens één nucleotide- of eiwitsequentie

o Nieuwe sequenties in databank worden gescreend op naam van organisme om eventueel nieuwe naam aan Taxonomy toe te voegen

Gene Ontology (GO)

o Gecontroleerd vocabularium van hiërarchische termen om genproductkenmerken en genproductannotatiegegevens te beschrijven
o Chaos en verwarring met naamgeving voorkomen
o Belangrijke kruispunten in orde
• Molecular function
• Biological process
• Cellular component

BRENDA

o = referentiedatabank voor alles wat met enzymen te maken heeft
o Verschillende namen worden gekoppeld en organismen waar het enzym wordt gevonden
o Links naar de literatuur

InterPro

o = functionele analyse van eiwitsequenties door classificatie in families
o Gaat de aanwezigheid van domeinen en belangrijke sites voorspellen o.b.v. signatuursequenties
o Handig voor annotatie van DNA-sequenties

PDB

o = Protein DataBank
o Bevat experimenteel bepaalde 3D-structuren van biologische macromoleculen
o = eerste primaire archief wereldwijd

KEGG

o = Kyoto Enceclopedia of Genes and Genomes
o = Databank voor metabole pathways met genen en enzymen
o Er kan een selectie gemaakt worden van enzymen in de pathways voor bepaalde soorten of groepen
o MetaCyc = tegenhanger

Silva

o = gecureerde databank voor ribosomaal RNA
o Goed voor taxonomische studies