BCH2 Protéines

Quand se forme la liaison peptidique et entre quels composants?

• Lors de la traduction

• Entre fonction amine et carboxyle de deux AA → amide

Y’a t il une libre rotation autour de la liaison peptidique ?

Non

Combien y a t il de formes mésomères à la liaison peptidique ?

Deux

Quel est le support solide utilisé pour la synthèse chimique de la liaison peptidique ?

Résine sur laquelle on ajoute des AA avec des grpmts chimiques protégés

Par quels produits l’hydrolyse de la liaison peptidique peut etre réalisée chimiquement ?

• Acide minéraux forts : HCl 6 fois normal

• Bromure de cyanogene : coupure des liaisons pep du cote carbonyle des Met

Que permettent les endoprotéases ?

Reconnaissance d’enchaînements d’AA particulier

Quelle est la spécificité des exoprotéases ?

Spécifiques des extrémités protéiques

De quelle série les protéines sont elles ?

Série L sauf protéines de la paroi bactérienne

Qu’est ce qu’un oligopeptide ?

• Enchaînement de quelques AA jusqu’à quelques dizaines

• Non codé par un gène

• Résulte d’une synthèse enzymatique

Quelle est la 1 ère étape du séquençage d’Edman?

Dérivation de l’acide aminé N terminal par réaction avec un grpmt : PITC → réactif d’edman (isiothiocyanate de phényl)

Quelle est la 2ème étape du séquençage d’Edman?

Clivage AA modifié par l’acide trifluoroacétique

Quelle est la 3ème étape du séquençage d’Edman?

Traitement dérivé instable par une solution acide → obtention dérivé stable : PTH

Quelle est la 4eme étape du séquençage d’Edman?

Séparation PTH grâce à une elution par HPLC en phase inverse

Quelle est la 5eme étape du séquençage d’Edman?

Quantification → identification par détection UV à 270 nm

Quelle est la 5eme étape du séquençage d’Edman?

Comparaison avec échantillon standard

Ou se situent les liaisons hydrogènes dans les hélices alpha ?

Entre grpmt carbonyle d’un résidu et le grpmt amide d’un résidu 4 positions plus loin

De quoi dépend la structure tertiaire des protéines?

De facteurs de l’environnement

Ou peuvent avoir lieu des liaisons hydrogènes dans la structure tertiaire des prot?

• Entre liaisons pep et chaine latérales

• Entre deux chaînes latérales

À quelle condition la liaison hydrogène peut elle se former?

Si il y a présence des groupes donneurs et accepteur à moins de 5A°

Exemple de liaison covalente intra brin

Ribnuclease

Exemple liaison covalente inter brin

Insuline

Pathologies formation agrégats protéiques

• maladie orpheline : amyloses

• Maladie vache folle

Par quelle fonction est régulée l’hémoglobine ?

Par allostérie

Qu’est ce qu’un domaine protéique?

• Structure et fonction indépendante du reste de la prot

• Structures primaires et tridimensionnelles de certains domaines peuvent etre partagées par plusieurs protéines

Caractéristiques méthionine amino peptidase

• Liée au ribosome

• Enzyme saturable

• Inactive dans corps d’inclusion

Quel est le rôle de l’hydroxylation de la proline?

• Modification de la conformation et de la polarité de la proline

Quel AA est concerné par la sulfonation?

Tyrosine

Quel est le rôle de la sulfonation?

Changement polarité

AA concerné par myristoylation?

Glycine

AA concerné par plamitoylation ?

Cystine

AA concerné par farnésylation?

Cystine en C-ter

Sur quelle face la glypiation adresse t elle les protéines ?

Externe

Quelles enzymes sont impliqués dans la phosphorylation?

Kinases

Exemples modif radicalaires ou oxydatives ?

• modif lysine par radical hydroxyl OH

• Oxydation cystéine par H2O2

• Hydroxylation ou nitrilation phénylalanine

• Oxydation méthionine

Qu’est ce que des bio polymères ?

• Polypeptides d’a.a de série L relié entre eux par liaison peptidique

Comment est le séquençage d’Edman?

Cyclique

Exemples de protéines riches en hélices alpha?

• Leucine Zipper

• Myoglobine

Comment est un brin bêta seul?

Il est instable

Exemple protéines riche en feuillet bêta

• Protéine chaperonne PapD PapK

Ou sont retrouvés les cylindre de feuillets bêta = tonneau bêta ?

Dans les pores des membranes biologiques

Ou sont situés les acides aminés hydrophobes dans les tonneau bêta ?

Du coté externe du tonneau

Exemple de dépendance à l’environnement pour la structure tertiaire des protéines ?

• Nécessite environnement acqueux pour que les prot solubles acquièrent leur structure 3D

• Nécessite environnement hydrophobe de la mb pour que les prot membranaires acquièrent leur conformation

Liaisons stabilisant structure tertiaire ?

• L. Hydrogène

• L. Hydrophobe

• L. Ionique

• Dipôle induit

• Liaisons covalentes

Quelles sont les trois types de liaisons hydrogène et à quelles structures appartiennent elles ?

• Entre deux liaisons pep → structure secondaire

• Entre liaison pep et chaine latérale → structure tertiaire

• Entre deux chaînes latérales → structure tertiaire

Exemple de liaison hydrogène entre liaison pep et chaine latérale

• Fonction alcool sur chaine latérale de Ser

Exemple de liaison hydrogène entre chaînes latérales ?

• Entre chaînes latérales de Ser et Glu

Comparaison liaison hydrophobe à liaison covalente

• Liaison hydrophobe 20 fois plus faible qu’une liaison covalente

Exemple liaison interaction hydrophobe

• Poche hydrophobe du récepteur à l’EPO contenant 3 Phe

Role liaison covalente intra brin?

• Rigidité structure

• Maintien conformation site catalytique

Rôle liaison covalente interbrin

• Maintien assemblage des chaînes entre elles

Structure hémoglobine ( structure quaternaire)

• Hétérotetramere : 2 s.u alpha et 2 s.u bêta

Structure collagène (structure quaternaire)

• 3 chaînes polypeptidiques assemblées sous forme d’une triple hélice

Structure élastine (structure quaternaire)

• Réseau de chaînes polypeptidiques reliées entre elles par liaisons covalentes

Quand se font les modifs post traductionnelles de l’activité des protéines ?

• Apres la polymérisation des a.a par le ribosome

Quels sont les effets de l’HAT?

• Diminution interactions histone/ADN

• Augmentation transcription ADN

Ou est ajouté l’ubiquitine et de quelle manière ?

Ajout covalente d’ubiquitine du coté de sa glycine C-terminale

Quelles sont les protéines concernées par l’ajout de polymères d’à.a

• Tubuline : protéine Cytosquelette

Quelles sont les protéines concernées par la réticulation?

• Collagène : 2 allysines

• Desmosine : 4 allysines

Qu’est ce que l'allysine ?

Lysine ayant subit une desamination oxydative

Qui n’intervient pas dans la charge des acides aminés ?

• Fonctions amides et acide carboxylique portés par carbone alpha

Exemple de sels favorables à la solubilité ( dissolvant )

• NaCl

• KCl

Exemple de sel avec fort pouvoir relarguant?

• Sels avec sulfates

Formule force ionique

• Fi = ½ somme Ci x Zi**2

Comparaison force ionique sulfate d’ammonium et NaCl

Force ionique sulfate d’ammonium > force ionique NaCl

Exemple endoprotéase

• Trypsine

Exemple exoprotease

• Carboxypeptidases

• Leucine aminopeptidase

• Aminopeptidase M

Exemples protéines fibreuses

• Myosine

• Alpha kératine