Tras el declive de la minería del oro, comenzó a priorizarse el cultivo de la caña de azúcar. Introducida desde las Islas Canarias por Cristóbal Colón, la caña de azúcar se sembró en La Española en 1493 y llegó a Puerto Rico en 1515.
En 1523, Tomás de Castellón instaló el primer trapiche en San Germán para procesar la caña. En 1549, Gregorio de Santolaya instaló el primer ingenio hidráulico. Para finales del siglo XVI, existían once instalaciones para la producción de azúcar en Puerto Rico.