La Domestication des Espèces

Domestication et Sélection

• Définition: Changement héréditaire d'une espèce sauvage via la sélection humaine de caractères d'intérêt.
• Darwin: Sélection consciente et dirigée entrainant une évolution accélérée.
• Définition moderne: Relation symbiotique où l'espèce domesticatrice soutient l'espèce domestiquée en échange de ressources.
• Implique une relation de dépendance et co-évolution.
• Sélection de caractères phénotypiques d'intérêt (comportement, biomasse, etc.).
• Sélection dirigée entraine la transmission héréditaire du phénotype d'intérêt.
• Exemple de croisements naturels et de sélection variétale.
• Domestication inconsciente: Peut entraîner une co-sélection de parasites.

Histoire de la Domestication

• Chien: Plus ancien cas connu (33000 ans), ancêtre proche du loup gris (Canis lupus).
• Agriculture: Domestication de plantes (ex: blé, riz). Voir les dates et espèces ancestrales.
• Mouton: Domestiqué au Néolithique, ancêtre proche d'Ovis orientalis.
• Blé: Domestiqué au Néolithique, ancêtre proche d’Aegilops spp.
• Riz: Chine, 14000-8000 ans, ancêtre Oryza rufipogon.
• Pommier: Asie Centrale, ancêtres Malus sieversii et Malus sylvestris.

Domestication Industrielle

• Micro-organismes hétérotrophes (bactéries, champignons) utilisés pour la fermentation.
• Saccharomyces cerevisiae: Levure de bière utilisée depuis 9000 ans, sélectionnée pour fermentation alcoolique et tolérance à l'éthanol.
• Aspergillus oryzae: Fermentation de riz (saké) et soja (miso), ancêtre Aspergillus flavus, sélectionnée pour la fermentation de l'amidon, enzymes de lyse protéique, perte de toxicité.
• Penicillium: Production fromagère (P. camemberti, P. roqueforti), liée à la domestication du bétail, sélectionnée pour la fermentation lactique.

Mécanismes Évolutifs de la Domestication

• Micro-organismes: Risques de contamination, sélection basée sur la qualité du produit fini.
• Champignons: Reproduction asexuée, accumulation de mutations, stabilité des caractères sélectionnés.
• Espèces végétales: Temps de génération long, multiplication végétative.
• Espèces animales: Temps de génération, taille de portée, comportement.

Syndrome de Domestication

• Ensemble de caractères héréditaires distinctifs des individus domestiqués.
• Animaux: Dépigmentation, oreilles tombantes, museau court, docilité, petit cerveau, cycles de chaleur courts, comportement juvénile.
• Plantes: Perte de dormance, perte des mécanismes de dispersion, changements biochimiques, gigantisme, modification du port, changement de ploïdie.

Empreintes Génétiques

• Identification des régions génomiques soumises à la sélection.
• Exemples: Comparaison de Penicillium roqueforti, Penicillium rubens, Penicillium camemberti, Aspergillus flavus/oryzae, Canis lupus/familiaris, Zea mays/luxurians.

Conclusions

• Processus progressif basé sur la variabilité phénotypique sauvage.
• Co-sélection de caractères non ciblés.
• Possibilité de réversion.
• Co-évolution et dépendance humaine.
• Les ressources génétiques permettent le développement de marqueurs moléculaires, l'identification des régions sous sélection et l'amélioration des souches.