Biochemia
Skład chemiczny organizmów i pierwiastki biogenne
Definicja pierwiastka chemicznego w biologii:
Pierwiastek to substancja składająca się z atomów tego samego typu, charakteryzujących się jednakową liczbą atomową , czyli identyczną liczbą protonów w jądrze atomowym.
Pierwiastki stanowią podstawowy budulec materii ożywionej i nieożywionej, wchodząc w skład związków chemicznych.
Ilościowa organizacja pierwiastków w przyrodzie:
Spośród dotychczas odkrytych pierwiastków chemicznych, dokładnie występują naturalnie w przyrodzie ( to pierwiastki sztuczne, wytworzone w laboratoriach).
W organizmach żywych stwierdzono obecność pierwiastków, natomiast pozostałe występują wyłącznie w nieożywionych elementach przyrody.
Tylko pierwiastków występuje powszechnie w każdym żywym organizmie.
Grupa pierwiastków to biogeny (pierwiastki biogenne), które stanowią budulec około związków organicznych tworzących biomasę.
Pozostałe pierwiastków pojawia się specyficznie u różnych grup organizmów.
Klasyfikacja związków chemicznych:
Związki nieorganiczne: substancje niezawierające szkieletu węglowego (z wyjątkiem prostych tlenków węgla czy kwasu węglowego). Należą do nich woda, amoniak, siarkowodór, chlorowodór, tlenki, wodorotlenki, kwasy oraz sole mineralne.
Związki organiczne: substancje oparte na łańcuchach lub pierścieniach węglowych (szkielecie węglowym), syntetyzowane przez komórki, do których zalicza się cukry (węglowodany), tłuszcze (lipidy), aminokwasy, białka, kwasy nukleinowe, nukleotydy, witaminy oraz mocznik.
Historyczny podział opierał się na błędnej koncepcji „siły życiowej” (vis vitalis), głoszącej, że związki organiczne mogą powstawać wyłącznie w organizmach żywych. Hipoteza ta upadła wraz z wykazaniem powstawania związków nieorganicznych w metabolizmie (np. amoniaku) oraz syntezą związków organicznych ze składników nieorganicznych w warunkach abiotycznych.
Rola soli mineralnych i dysocjacja jonowa:
W środowisku wodnym komórki sole mineralne dysocjują na jony obdarzone ładunkiem elektrycznym:
Kationy (): sodowy (), potasowy (), magnezowy (), wapniowy (), żelazawy (), amonowy (), wodorowy ().
Aniony (): wodorowęglanowy (), siarczanowy(VI) (), fosforanowy(V) (), azotanowy(V) (), chlorkowy (), fluorkowy (), jodkowy ().
Kluczowe jony dla utrzymania homeostazy komórkowej i ustrojowej: , , , , , , .
Podział pierwiastków ze względu na zawartość w organizmie:
Makroelementy:
Dobowe zapotrzebowanie u człowieka: powyżej .
Udział w organizmie: powyżej suchej masy.
Przedstawiciele: węgiel (), wodór (), tlen (), azot (), fosfor (), siarka (), wapń (), magnez (), sód (), potas (), chlor ().
Mikroelementy:
Dobowe zapotrzebowanie u człowieka: poniżej .
Udział w organizmie: poniżej suchej masy.
Przedstawiciele: żelazo (), miedź (), cynk (), mangan (), jod (), fluor (), kobalt (), chrom (), bor (), molibden ().
Ultraelementy:
Występowanie w ilościach śladowych: poniżej suchej masy organizmu.
Przedstawiciele: srebro (), złoto (), rad (), selen (), rtęć ().
Biogeny (, , , , , ) i ich specyfika:
, , tworzą podstawowy szkielet wszystkich biomolekuł organicznych.
występuje w każdym aminokwasie (tworzy grupę aminową ), zasadach azotowych nukleotydów i kwasów nukleinowych, w białkach, enzymach, ATP oraz alkaloidach.
występuje specyficznie w niektórych aminokwasach (cysteina, metionina, cystyna) oraz w koenzymie A (); obecność siarki w próbce świadczy o obecności białek.
występuje w kwasach nukleinowych (DNA, RNA), nukleotydach wysokoenergetycznych (), fosfolipidach błonowych oraz fosfoproteinach.
Szczegółowa charakterystyka wybranych pierwiastków:
Azot (): składnik białek, kwasów nukleinowych, nośników energii (); źródła: mięso, rośliny strączkowe; niedobór: zaburzenia metaboliczne, zahamowanie wzrostu roślin, śmierć organizmu.
Chlor (): katalizuje fotolizę wody w fazie jasnej fotosyntezy; składnik kwasu solnego () w żołądku; jon reguluje turgor i równowagę osmotyczną oraz przewodnictwo impulsów nerwowych; źródła: sól kuchenna, ryby morskie, owoce morza; niedobór: zaburzenia trawienia żołądkowego, spadek tempa oddychania i fotosyntezy.
Cynk (): składnik enzymów (np. karboksypeptydaz trzustkowych) oraz insuliny; źródła: nasiona słonecznika, orzechy ziemne, czerwone mięso; niedobór: powolne gojenie ran, niewydolność gonad, łamliwość włosów i paznokci, chloroza liści.
Fosfor (): składnik hydroksyapatytu kości i szkliwa zębów, kwasów nukleinowych, fosfolipidów, ; źródła: mięso, mleko, sery, orzechy; niedobór: krzywica, osteomalacja, zaburzenia metabolizmu energetycznego.
Fluor (): buduje szkliwo zębów (tworzy fluoroapatyt odporny na działanie kwasów bakteryjnych); źródła: ryby morskie, woda pitna; niedobór: podatność na próchnicę zębów.
Jod (): kluczowy składnik hormonów tarczycy – tyroksyny () i trójjodotyroniny (); źródła: sól jodowana, owoce morza, ryby morskie; niedobór: wole endemiczne, niedoczynność tarczycy, kretynizm (niedorozwój umysłowy i fizyczny u dzieci).
Kobalt (): centralny atom w cząsteczce kobalaminy (witamina ), warunkuje erytropoezę; źródła: mięso, podroby; niedobór: anemia złośliwa.
Magnez (): centralny jon pierścienia porfirynowego chlorofilu (absorpcja fotonów); kofaktor enzymów glikolizy i replikacji; składnik kości; stabilizuje rybosomy; źródła: zielone warzywa liściaste (sałata, szpinak), kakao; niedobór: bolesne skurcze mięśni, zaburzenia rytmu serca, chloroza liści, zahamowanie fotosyntezy.
Miedź (): kofaktor enzymów oddechowych (np. oksydazy cytochromowej) i syntezy hemoglobiny; składnik hemocyjaniny u mięczaków i stawonogów; źródła: wątroba, grzyby, jaja; niedobór: anemia, zaburzenia syntezy kolagenu.
Potas (): główny kation wewnątrzkomórkowy; generuje potencjał spoczynkowy i czynnościowy błon komórkowych; aktywuje enzymy; odpowiada za turgor komórek roślinnych i otwieranie aparatów szparkowych; źródła: pomidory, banany, cytrusy; niedobór: osłabienie mięśni, arytmia serca, wiotczenie roślin.
Sód (): główny kation płynów zewnątrzkomórkowych; utrzymuje ciśnienie osmotyczne krwi; bierze udział w polaryzacji i depolaryzacji błon neuronów oraz w transporcie aktywnym wtórnym (symport glukozy); źródła: sól kuchenna; niedobór: spadek ciśnienia krwi, skurcze mięśni.
Wapń (): składnik kości i zębów; kofaktor w kaskadzie krzepnięcia krwi (czynnik IV); przekaźnik drugiego rzędu w komórce; niezbędny do skurczu mięśni (wiązanie z troponiną) i egzocytozy neuroprzekaźników w synapsach; źródła: nabiał, ryby z ośćmi, rośliny strączkowe; niedobór: osteoporoza, tężyczka, zaburzenia krzepliwości krwi.
Żelazo (): składnik hemu w hemoglobinie i mioglobinie (transport i magazynowanie tlenu); składnik cytochromów w łańcuchu oddechowym; katalizuje syntezę chlorofilu; źródła: wątroba, czerwone mięso, żółtka jaj, szpinak; niedobór: anemia mikrocytarna, osłabienie, chloroza młodych liści.
Antagonizm jonowy i przejścia fazowe cytozolu:
Jony jednowartościowe (, ) powodują hydratację miceli białkowych cytozolu, obniżając jego lepkość i promując stan zolu (płynny/półpłynny).
Jony dwuwartościowe (, ) neutralizują ładunki na micelach, powodując ich agregację i przejście w stan żelu (substancja półstała o dużej lepkości).
W układzie nerwowym jony indukują zlewanie się pęcherzyków synaptycznych z błoną presynaptyczną i egzocytozę mediatora, podczas gdy działa antagonistycznie, hamując uwalnianie neuroprzekaźnika do szczeliny synaptycznej.
Właściwości fizykochemiczne i biologiczna rola wody
Budowa przestrzenna i polarność cząsteczki wody:
Cząsteczka wody () składa się z atomu tlenu połączonego z dwoma atomami wodoru za pomocą dwóch wiązań kowalencyjnych spolaryzowanych.
Ze względu na dużą elektroujemność tlenu ( w skali Paulinga) w stosunku do wodoru (), wspólne pary elektronowe są przesunięte w kierunku jądra atomu tlenu.
Kąt między wiązaniami wynosi około , a obecność dwóch wolnych par elektronowych przy atomie tlenu nadaje cząsteczce asymetryczny, kątowy kształt dipola z cząstkowym ładunkiem ujemnym () na tlenie i ładunkami dodatnimi () na atomach wodoru.

Wiązania wodorowe i zjawiska międzycząsteczkowe:
Elektrostymulacja dipolowa umożliwia powstawanie wiązań wodorowych pomiędzy atomem wodoru jednej cząsteczki wody a wolną parą elektronową tlenu sąsiedniej cząsteczki. Sieć wiązań wodorowych odpowiada za unikalne właściwości fizykochemiczne cieczy.
Kohezja (spójność): wzajemne przyciąganie się cząsteczek wody dzięki wiązaniom wodorowym. Zapewnia wysoką wytrzymałość słupa wody na rozerwanie podczas transportu ksylemem oraz odpowiada za wysokie napięcie powierzchniowe.
Adhezja (przyleganie): zdolność cząsteczek wody do łączenia się z substancjami polarnymi lub naładowanymi (np. celulozowymi ścianami naczyń roślinnych czy szkłem).
Hydratacja: proces otaczania cząsteczek substancji rozpuszczonej płaszczem wodnym (wodną powłoką solwatacyjną). Umożliwia rozpad sieci krystalicznej soli i dysocjację elektrolityczną na jony.

Zjawisko kontrakcji objętościowej: zmieszanie wody z etanolem prowadzi do zmniejszenia sumarycznej objętości cieczy na skutek wciskania się mniejszych cząsteczek wody w przestrzenie międzycząsteczkowe alkoholu i tworzenia silnych wiązań wodorowych z grupami hydroksylowymi ().
Właściwości termiczne wody:
Wysokie ciepło właściwe: woda pochłania znaczne ilości energii cieplnej przy niewielkich zmianach własnej temperatury (). Chroni to komórki i organizmy przed gwałtownymi wahaniami temperatury wewnętrznej (bufor termiczny).
Wysokie ciepło parowania: przejście ze stanu ciekłego w gazowy wymaga zerwania licznych wiązań wodorowych, co pochłania duże ilości energii cieplnej. Umożliwia to efektywną termoregulację poprzez transpirację u roślin oraz parowanie potu u ssaków.
Dobre przewodnictwo cieplne: umożliwia sprawne wyrównywanie gradientów temperatur wewnątrz tkanek wielokomórkowych.
Anomalia gęstości wody i jej skutki ekologiczne:
Woda osiąga maksymalną gęstość w temperaturze ().
Podczas ochładzania poniżej tej temperatury, cząsteczki układają się w przestrzenną sieć krystaliczną lodu stabilizowaną wiązaniami wodorowymi, co zwiększa odległości między atomami i zmniejsza gęstość lodu w stosunku do wody ciekłej.
Lód jako lżejszy unosi się na powierzchni zbiorników wodnych, tworząc warstwę termoizolacyjną chroniącą dno i głębsze partie wód przed całkowitym zamarznięciem (woda przy dnie zachowuje stałą temperaturę , umożliwiając przetrwanie faunie i florze wodnej).
Woda jako rozpuszczalnik i mechanizmy transportu:
Polarny charakter czyni wodę uniwersalnym rozpuszczalnikiem dla cząsteczek hydrofilowych (substancje polarne i jonowe, np. sole, cukry, aminokwasy). Substancje niepolarne (hydrofobowe, np. lipidy) nie tworzą z wodą wiązań wodorowych i są z niej wypychane.
Dyfuzja prosta: bierny proces samorzutnego rozprzestrzeniania się cząsteczek substancji rozpuszczonej z obszaru o wyższym stężeniu do obszaru o niższym stężeniu, prowadzący do wyrównania gradientu stężeń.
Osmoza: szczególny przypadek dyfuzji, polegający na przenikaniu cząsteczek wody (rozpuszczalnika) przez błonę półprzepuszczalną z roztworu o niższym stężeniu substancji (roztwór hipotoniczny) do roztworu o wyższym stężeniu substancji (roztwór hipertoniczny).

Roztwory izotoniczne charakteryzują się jednakowym ciśnieniem osmotycznym i stężeniem molowym, co oznacza brak wypadkowego przepływu wody przez błonę.
Postacie wody w ustroju:
Woda wolna (niezwiązana): stanowi rozpuszczalnik cytoplazmy, osocza, limfy i soku komórkowego, bierze bezpośredni udział w transporcie i reakcjach hydrolizy.
Woda związana: unieruchomiona w strukturach koloidalnych, związana z makrocząsteczkami (białkami, kwasami nukleinowymi) za pośrednictwem wiązań wodorowych; nie zamarza w temperaturze .
Ilościowy rozkład w organizmie człowieka: całkowita zawartość wody wynosi od do ponad masy ciała (zależnie od wieku i płci; noworodki posiadają ok. wody, osoby powyżej 40. roku życia: kobiety , mężczyźni ). Tkanka chrzęstna zawiera około wody, osocze krwi ponad , natomiast szkliwo zębów i tkanka tłuszczowa jedynie około .
Budowa, klasyfikacja i metabolizm węglowodanów
Pojęcie cukrów a węglowodanów:
Cukry to polihydroksyaldehydy lub polihydroksyketony oraz ich pochodne, składające się z atomów węgla, wodoru i tlenu. Posiadają wiele grup hydroksylowych () oraz jedną grupę karbonylową: aldehydową ( w aldozach) lub ketonową ( w ketozach).
Węglowodany w sensie historycznym definiowano wzorem ogólnym , w którym stosunek atomów wodoru do tlenu wynosi dokładnie (jak w wodzie). Określenie to jest jednak nieprecyzyjne, gdyż niektóre cukry odbiegają od tej proporcji (np. deoksyryboza ), a inne związki niebędące cukrami spełniają ten wzór (np. kwas mlekowy , kwas octowy ).
Cząsteczki przedstawia się za pomocą projekcji Fischera (wzory łańcuchowe, liniowe) lub projekcji Hawortha (wzory pierścieniowe, taflowe po utworzeniu wewnętrznego półacetalu lub półketalu).

Monosacharydy (cukry proste):
Triozy (): aldehyd glicerynowy (aldoza) i dihydroksyaceton (ketoza); w formie ufosforylowanej (aldehyd 3-fosfoglicerynowy – PGAL) są kluczowymi metabolitami pośrednimi glikolizy, fermentacji i cyklu Calvina w fotosyntezie.
Pentozy ():
Ryboza (): aldoza wchodząca w skład rybonukleotydów RNA, trifosforanu adenozyny (), dinukleotydów (, ).
Deoksyryboza (): aldoza pozbawiona atomu tlenu przy atomie węgla , składnik deoksyrybonukleotydów w cząsteczce DNA.
Arabinoza i ksyloza: składniki polimerów ściany komórkowej roślin.
Heksozy ():
Glukoza: aldoheksoza, podstawowy substrat oddechowy komórek, uniwersalny nośnik energii chemicznej we krwi zwierząt.
Fruktoza: ketoheksoza występująca w owocach i miodzie, izomer glukozy; najsłodszy z cukrów naturalnych, składnik sacharozy.
Galaktoza: aldoheksoza, izomer optyczny glukozy, buduje dwucukier laktozę oraz glikolipidy mózgu.
Mannoza: składnik glikoprotein oraz polisacharydów roślinnych (mannanów).
Oligosacharydy (od 2 do 10 reszt cukrowych):
Powstają w wyniku reakcji kondensacji monosacharydów z wydzieleniem cząsteczki wody i utworzeniem wiązania -glikozydowego pomiędzy grupą hydroksylową jednego monocukru a grupą półacetalową drugiego.
Disacharydy ():
Maltoza (cukier słodowy): zbudowana z dwóch cząsteczek -D-glukozy połączonych wiązaniem -1,4-glikozydowym; produkt trawienia skrobi przez amylazy; występuje w kiełkującym ziarnie zbóż.
Laktoza (cukier mleczny): zbudowana z -D-galaktozy i -D-glukozy połączonych wiązaniem -1,4-glikozydowym; występuje w mleku ssaków; do jej rozbicia niezbędny jest enzym laktaza (hipolaktazja prowadzi do nietolerancji laktozy).
Sacharoza: zbudowana z -D-glukozy i -D-fruktozy połączonych wiązaniem -1,-2-glikozydowym; cukier nieredukujący (obie grupy anomeryczne uczestniczą w wiązaniu); główna forma transportowa węglowodanów u roślin (floem) oraz materiał zapasowy w korzeniach buraka cukrowego i łodygach trzciny cukrowej.
Trisacharydy: rafinoza (galaktoza + glukoza + fruktoza), magazynowana m.in. w nasionach bawełny i burakach.
Polisacharydy (wielocukry):
Polimery o wysokiej masie cząsteczkowej, nierozpuszczalne w wodzie, nieposiadające słodkiego smaku, osmotycznie obojętne dla komórki.
Skrobia: zapasowy polisacharyd roślin. Składa się z dwóch frakcji:
Amyloza (): nierozgałęziony łańcuch reszt glukozowych połączonych wiązaniami -1,4-glikozydowymi, zwijający się w przestrzenną helisę.
Amylopektyna (): silnie rozgałęziony łańcuch zawierający wiązania -1,4-glikozydowe oraz wiązania -1,6-glikozydowe w miejscach rozgałęzień (co około 24–30 reszt glukozy).
Glikogen: polisacharyd zapasowy zwierząt i grzybów, zmagazynowany w hepatocytach wątroby ( masy narządu) oraz miocytach mięśni szkieletowych (). Strukturalnie zbliżony do amylopektyny, lecz znacznie gęściej rozgałęziony (wiązania -1,6-glikozydowe występują co 8–12 reszt glukozowych), co ułatwia enzymatyczne odczepianie jednostek glukozowych.
Celuloza: podstawowy składnik ściany komórkowej roślin, glonów i niektórych protistów. Polimer nierozgałęziony zbudowany z monomerów -D-glukozy połączonych wiązaniami -1,4-glikozydowymi. Sąsiednie łańcuchy łączą się licznymi wiązaniami wodorowymi, tworząc mikrofibryle o ogromnej wytrzymałości na rozciąganie.
Chityna: polimer strukturalny zbudowany z reszt -acetyloglukozaminy połączonych wiązaniami -1,4-glikozydowymi. Zawiera azot; buduje ściany komórkowe grzybów oraz pancerze (oskórek) stawonogów.
Błonnik pokarmowy (włóknik):
Zespół wielocukrów roślinnych nietrawionych przez enzymy układu pokarmowego człowieka (celuloza, hemicelulozy, pektyny, gumy, śluzy oraz niecukrowa lignina).
Pęcznieje pod wpływem wody w żołądku, dając uczucie sytości; pobudza perystaltykę jelit; wiąże kwasy żółciowe i cholesterol, obniżając jego stężenie we krwi; stanowi pożywkę dla symbiotycznej mikrobioty jelitowej. Zwierzęta roślinożerne (przeżuwacze, termity) trawią celulozę dzięki endosymbiotycznym bakteriom i orzęskom wytwarzającym enzym celulazę.
Fizjologia trawienia węglowodanów w organizmie człowieka:
Jama ustna: amylaza ślinowa (odczyn obojętny, ) rozpoczyna hydrolizę wiązań -1,4-glikozydowych w skrobi, rozbijając ją na dekstryny i maltozę.
Żołądek: silnie kwasowe środowisko () denaturuje i unieczynnia amylazę ślinową; brak enzymów trawiących cukry.
Dwunastnica: amylaza trzustkowa (odczyn zasadowy, ) kontynuuje hydrolizę dekstryn do disacharydów (maltozy).
Jelito cienkie (rąbek szczoteczkowy): disacharydazy mikrokosmków rozkładają dwucukry do monocukrów: maltaza (maltoza ), sacharaza (sacharoza glukoza + fruktoza), laktaza (laktoza glukoza + galaktoza).
Wchłanianie: glukoza i galaktoza wchłaniane są do enterocytów na drodze aktywnego symportu z jonami (transporter SGLT1), a następnie dyfundują ułatwioną (GLUT2) do naczyń włosowatych kosmka, skąd żyłą wrotną docierają do wątroby.
Próby analityczne wykrywania cukrów:
Próba jodowa (płyn Lugola – roztwór jodu w jodku potasu ): cząsteczki jodu wnikają do wnętrza helisy amylozy w skrobi, co powoduje zmianę absorpcji światła i powstanie granatowo-fioletowego zabarwienia.
Próba Fehlinga (roztwór siarczanu(VI) miedzi(II) z winianem sodowo-potasowym w środowisku ): służy do wykrywania cukrów redukujących (wszystkie monosacharydy, maltoza, laktoza). Wolna grupa aldehydowa lub ketonowa (ulegająca enolizacji) redukuje niebieski jon do jonu , co objawia się po ogrzaniu wytrąceniem ceglastoczerwonego osadu tlenku miedzi(I) ().
Charakterystyka, podział i trawienie lipidów
Właściwości fizykochemiczne lipidów:
Związki organiczne heterogenne pod względem strukturalnym, cechujące się hydrofobowością (nierozpuszczalne w wodzie) i lipofilnością (rozpuszczalne w rozpuszczalnikach niepolarnych: eterze dietylowym, acetonie, benzenie, chloroformie).
Gęstość tłuszczów jest mniejsza od gęstości wody (), dlatego unoszą się na jej powierzchni.
Wartość kaloryczna: spalenie lipidów dostarcza () energii metabolicznej, czyli ponad dwukrotnie więcej niż spalenie węglowodanów lub białek (, ).
Lipidy proste:
Tłuszcze właściwe (trójglicerydy / triacyloglicerole): estry glicerolu (alkoholu trihydroksylowego) i trzech cząsteczek wyższych kwasów tłuszczowych.
Reakcja estryfikacji:
Tłuszcze stałe (zwierzęce, np. smalec, masło, łój) zawierają głównie nasycone kwasy tłuszczowe (np. palmitynowy , stearynowy ), które ściśle upakowują się w sieci przestrzennej i wykazują wysoką temperaturę topnienia.
Tłuszcze płynne (roślinne, np. oliwa, olej rzepakowy, słonecznikowy; wyjątek zwierzęcy: tran rybi) zawierają kwasy nienasycone, posiadające jedno lub więcej wiązań podwójnych w konfiguracji cis (np. kwas oleinowy, linolowy, linolenowy), powodujących załamanie łańcucha węglowego i obniżenie temperatury topnienia.
Woski: estry wyższych monohydroksylowych alkoholi alifatycznych () i wyższych kwasów tłuszczowych. Lanolina pokrywa wełnę owiec; wosk pszczeli buduje plastry; olbrot wypełnia jamę czaszkową kaszalota; kutykula (kutyna, woski) pokrywa epidermę nadziemnych pędów roślin, ograniczając transpirację kutykularną i chroniąc przed patogenami.
Lipidy złożone:
Fosfolipidy: glicerol zestryfikowany dwoma kwasami tłuszczowymi oraz resztą kwasu fosforowego(V), z którą łączy się dodatkowy polarny związek (np. cholina w lecytynie, etanoloamina w kefalinie).
Cząsteczka amfipatyczna: posiada hydrofilową głowę (glicerol, reszta fosforanowa, cholina) o dużym powinowactwie do wody oraz dwa hydrofobowe ogony (niepolarne łańcuchy węglowodorowe kwasów tłuszczowych). W roztworach wodnych samorzutnie formują dwuwarstwy lipidowe, micele lub liposomy.

Glikolipidy: estry glicerolu lub sfingozyny z kwasami tłuszczowymi i resztami cukrowymi (np. cerebrozydy, gangliozydy). Wchodzą w skład zewnętrznej monowarstwy błony komórkowej, tworząc glikokaliks odpowiedzialny za swoistość tkankową i antygenową komórki.
Lipidy izoprenowe:
Związki syntetyzowane z jednostek pięciowęglowych (izoprenoidowych – difosforanu izopentenylu):
Karotenoidy: tetraterpeny () o sprzężonych układach wiązań podwójnych; barwniki fotosyntetyczne pomocnicze (pochłaniają światło niebiesko-zielone i chronią aparaty fotosyntetyczne przed fotoutlenieniem). Karoteny (np. -karoten – czerwono-pomarańczowy) oraz ksantofile (żółte barwniki zawierające tlen).
Steroidy (sterydy): związki o szkielecie cyklopentanoperhydrofenantrenu (steranu – cztery skondensowane pierścienie węgla ):
Cholesterol: kluczowy składnik błon komórkowych zwierząt; modyfikuje ich płynność (w wysokiej temperaturze usztywnia dwuwarstwę, w niskiej zapobiega jej krystalizacji); prekursor witaminy , kwasów żółciowych oraz hormonów sterydowych (kortyzol, aldosteron, testosteron, estrogeny, progesteron).
Fitosterole (np. sitosterol, stigmasterol) – odpowiedniki cholesterolu w komórkach roślinnych; mykosterole (ergosterol) – u grzybów.
Kwasy żółciowe (np. kwas cholowy) – syntezowane w wątrobie z cholesterolu, wchodzą w skład żółci.
Fizjologia trawienia i absorpcji tłuszczów:
W żołądku lipaza żołądkowa trawi jedynie tłuszcze w stanie naturalnej emulsji (np. mleko, śmietana), pracując w wąskim zakresie kwasowym u niemowląt.
W dwunastnicy sole kwasów żółciowych zmniejszają napięcie powierzchniowe wielkich kropel tłuszczu, prowadząc do ich mechanicznego rozbicia na mikroskopijne kropelki (proces emulgacji). Zwiększa to drastycznie powierzchnię dostępną dla enzymów trawiących.
Lipaza trzustkowa (aktywowana przez kolipazę, optymalne ) odczepia zewnętrzne kwasy tłuszczowe od trójglicerydów, uwalniając wolne kwasy tłuszczowe i 2-monoacyloglicerole.
Produkty trawienia wnikają do enterocytów, gdzie w siateczce śródplazmatycznej gładkiej następuje resynteza triacylogliceroli. Powstałe lipidy łączą się z apolipoproteinami, fosfolipidami i cholesterolem, tworząc rozpuszczalne w wodzie agregaty – chylomikrony.
Chylomikrony opuszczają enterocyt drogą egzocytozy do naczyń limfatycznych kosmka (mleczowych), omijając układ wrotny i trafiając przez przewód piersiowy bezpośrednio do krwiobiegu.
Lipoproteiny krwi i transport cholesterolu:
Chylomikrony: transportują egzogenne lipidy z jelita do tkanek i wątroby.
VLDL (lipoproteiny o bardzo małej gęstości): transportują endogenne trójglicerydy z wątroby do tkanki tłuszczowej.
LDL (lipoproteiny o małej gęstości): tzw. „zły cholesterol”; transportują cholesterol z wątroby do komórek obwodowych. Nadmiar LDL ulega oksydacji i odkładaniu w ścianach tętnic, inicjując tworzenie blaszek miażdżycowych (patogeneza miażdżycy i choroby niedokrwiennej serca).
HDL (lipoproteiny o dużej gęstości): tzw. „dobry cholesterol”; wychwytują nadmiar wolnego cholesterolu z tkanek obwodowych i ścian naczyń, transportując go z powrotem do wątroby celem degradacji do kwasów żółciowych (zwrotny transport cholesterolu).
Wykrywanie lipidów:
Reakcja z barwnikiem Sudan III lub Sudan IV: odczynniki lipofilowe barwią krople tłuszczu na intensywny kolor czerwony/pomarańczowy.
Budowa, rzędowość i funkcje biologiczne białek
Budowa aminokwasów białkowych:
W strukturze białek występuje standardowych -L-aminokwasów. Każdy posiada centralny asymetryczny atom węgla (, z wyjątkiem glicyny), do którego przyłączone są cztery grupy:
Zasadowa grupa aminowa (),
Kwasowa grupa karboksylowa (),
Atom wodoru (),
Podstawnik boczny (grupa ), determinujący właściwości chemiczne (polarność, ładunek, hydrofobowość).
W środowisku wodnym komórki aminokwasy występują w postaci jonów obojnaczych ():
W środowisku kwasowym () przyjmują proton, stając się kationami ().
W środowisku zasadowym () oddają proton, stając się anionami ().
Wiązanie peptydowe i synteza łańcucha:
Powstaje w wyniku reakcji kondensacji pomiędzy grupą -karboksylową jednego aminokwasu a grupą -aminową drugiego aminokwasu z wydzieleniem cząsteczki wody.

Wiązanie peptydowe () jest wiązaniem kowalencyjnym o charakterze częściowo podwójnym (sprzężenie elektronów wolnej pary azotu z wiązaniem karbonylowym), co usztywnia strukturę i wymusza płaską konfigurację grupy amidowej (brak możliwości swobodnego obrotu wokół wiązania ).
Łańcuch peptydowy ma określoną polarność: na jednym końcu znajduje się wolna grupa aminowa (-koniec), na drugim wolna grupa karboksylowa (-koniec).
Podział peptydów:
Oligopeptydy: zawierają od 2 do 10 reszt aminokwasowych (np. wazopresyna, oksytocyna, glutation).
Polipeptydy: od 11 do 100 reszt aminokwasowych (np. insulina, glukagon).
Białka (makropeptydy): powyżej 100 reszt aminokwasowych o masie cząsteczkowej przekraczającej .
Strukturalna organizacja białek (rzędowość):
Struktura I-rzędowa (pierwszorzędowa): liniowa sekwencja aminokwasów w łańcuchu polipeptydowym, połączonych wiązaniami peptydowymi. Zdeterminowana bezpośrednio przez sekwencję nukleotydów w genie.
Struktura II-rzędowa (drugorzędowa): przestrzenne ułożenie szkieletu polipeptydowego stabilizowane wiązaniami wodorowymi pomiędzy grupami i wiązań peptydowych:
-helisa: prawoskrętne zwinięcie łańcucha; wiązania wodorowe tworzą się równolegle do osi helisy co cztery reszty aminokwasowe (pomiędzy grupą aminokwasu a grupą aminokwasu ).
-harmonijka (arkusz ): powstaje przez ułożenie obok siebie rozciągniętych fragmentów łańcucha polipeptydowego (równolegle lub przeciwrównolegle), połączonych prostopadłymi wiązaniami wodorowymi.
Struktura III-rzędowa (trzeciorzędowa): ostateczne pofałdowanie łańcucha o strukturze II-rzędowej w przestrzenną konfigurację natywną. Stabilizowana przez oddziaływania między podstawnikami bocznymi ():
Mostki disiarczkowe (dwusiarczkowe) – kowalencyjne wiązania powstające w wyniku utlenienia grup tiolowych () dwóch reszt cysteiny,
Wiązania wodorowe pomiędzy polarnymi podstawnikami,
Oddziaływania jonowe (mostki solne) pomiędzy naładowanymi grupami kwasowymi () i zasadowymi (),
Oddziaływania hydrofobowe i siły van der Waalsa unieczynniające reszty niepolarne poprzez ukrycie ich we wnętrzu cząsteczki.

Struktura IV-rzędowa (czwartorzędowa): przestrzenna asocjacja dwóch lub więcej odrębnych łańcuchów polipeptydowych (podjednostek) posiadających już określoną strukturę III-rzędową. Przykłady: hemoglobina (tetramer: z czterema cząsteczkami hemu), dehydrogenaza mleczanowa, kolagen (potrójna helisa tropokolagenu).
Podział białek ze względu na budowę i rozpuszczalność:
Białka fibrylarne (włókniste): nierozpuszczalne w wodzie, pełnią funkcje strukturalne i mechaniczne. Kolagen (tkanka łączna, ścięgna, skóra), keratyna (włosy, paznokcie, rogi), elastyna (ściany naczyń krwionośnych), fibroina jedwabiu.
Białka globularne (kłębuszkowe): rozpuszczalne w wodzie i roztworach soli, aktywne metabolicznie. Albuminy, globuliny, histony, mioglobina, enzymy.
Białka proste (proteiny): zbudowane wyłącznie z aminokwasów (np. albuminy, globuliny, histony).
Białka złożone (proteidy): zawierają część białkową (apobiałko) i niebiałkową grupę prostetyczną:
Glikoproteiny (część cukrowa – glikokaliks, immunoglobuliny, TSH, EPO),
Lipoproteiny (część lipidowa – chylomikrony, HDL, LDL),
Metaloproteiny (atomy metali – ferrytyna z żelazem, dehydrogenaza alkoholowa z cynkiem),
Chromoproteiny (barwniki – hemoglobina, mioglobina, cytochromy),
Fosfoproteiny (reszty kwasu fosforowego – kazeina mleka),
Nukleoproteiny (połączenia z kwasami nukleinowymi – chromatyna, rybosomy).
Biologiczne właściwości białek:
Wysalanie (koagulacja odwracalna): pod wpływem stężonych roztworów soli metali lekkich (np. , ) dochodzi do dehydratacji miceli białkowych i ich przejściowej agregacji z wytworzeniem osadu (żelu). Proces nie niszczy wiązań stabilizujących strukturę II-, III- i IV-rzędową; po dodaniu wody osad ulega ponownemu rozpuszczeniu (peptyzacja).
Denaturacja (koagulacja nieodwracalna): zniszczenie wyższych struktur (II-, III-, IV-rzędowej) na skutek zerwania wiązań wodorowych, jonowych, mostków disiarczkowych pod wpływem czynników fizycznych (temperatura powyżej , promieniowanie UV, promieniowanie jonizujące, ultradźwięki) lub chemicznych (stężone kwasy i zasady, sole metali ciężkich: , , alkohole, mocznik, detergenty). Struktura I-rzędowa (wiązania peptydowe) pozostaje nienaruszona. Skutkuje to całkowitą utratą aktywności biologicznej.
Zapotrzebowanie pokarmowe i wartość odżywcza białek:
Aminokwasy egzogenne (niezbędne): aminokwasy, których organizm człowieka nie jest w stanie sam zsyntetyzować i muszą być dostarczane w pożywieniu (leucyna, izoleucyna, walina, lizyna, metionina, fenyloalanina, treonina, tryptofan; u dzieci dodatkowo histydyna).
Białka pełnowartościowe: zawierają wszystkie aminokwasy egzogenne w odpowiednich ilościach i proporcjach (produkty pochodzenia zwierzęcego: mięso, jaja, mleko, ryby).
Białka niepełnowartościowe: ubogie w jeden lub więcej aminokwasów egzogennych (głównie białka roślinne, np. kukurydza nie zawiera lizyny i tryptofanu, fasola jest uboga w metioninę).
Trawienie białek w przewodzie pokarmowym:
Żołądek: pepsynogen pod wpływem kwasu solnego () ulega autokatalitycznej aktywacji do pepsyny (optimum ), która tnie wiązania peptydowe wewnątrz łańcucha białkowego (endopeptydaza), tworząc polipeptydy i oligopeptydy.
Dwunastnica: enterokinaza (enteropeptydaza) śluzówki jelita aktywuje trypsynogen soku trzustkowego do trypsyny. Trypsyna aktywuje kolejne proenzymy: chymotrypsynogen do chymotrypsyny oraz prokarboksypeptydazy do karboksypeptydaz (egzopeptydazy odczepiające aminokwasy od -końca).
Jelito cienkie: aminopeptydazy (odczepiające aminokwasy od -końca) oraz dipeptydazy mikrokosmków kończą hydrolizę do wolnych aminokwasów, które są wchłaniane do krwiobiegu.
Reakcje barwne identyfikacji białek:
Reakcja biuretowa: dodanie do próbki roztworu siarczanu(VI) miedzi(II) () w silnie zasadowym środowisku () skutkuje powstaniem fioletowego kompleksu koordynacyjnego jonów z atomami azotu wiązań peptydowych. Reakcja jest pozytywna dla związków posiadających co najmniej dwa wiązania peptydowe.
Reakcja ksantoproteinowa: działanie stężonego kwasu azotowego(V) () na białko powoduje nitrowanie pierścieni aromatycznych (obecnych w fenyloalaninie, tyrozynie, tryptofanie), co objawia się intensywnie żółtym zabarwieniem (przechodzącym w pomarańczowe po zalkalizowaniu).
Kwasy nukleinowe i nukleotydy
Monomery kwasów nukleinowych – nukleotydy i nukleozydy:
Nukleozyd: składa się z pentozy (ryboza w RNA lub deoksyryboza w DNA) połączonej wiązaniem -glikozydowym z zasadą azotową (wiązanie między węglem cukru a azotem pirymidyny lub puryny).
Nukleotyd: ester fosforanowy nukleozydu; składa się z pentozy, zasady azotowej oraz od jednej do trzech reszt kwasu fosforowego(V) przyłączonych wiązaniem estrowym do węgla (lub ) cukru.

Zasady azotowe:
Puryny (dwupierścieniowe): adenina (), guanina ().
Pirymidyny (jednopierścieniowe): cytozyna (), tymina ( – specyficzna dla DNA), uracyl ( – specyficzny dla RNA).
Struktura i organizacja DNA:
Cząsteczka kwasu deoksyrybonukleinowego składa się z dwóch łańcuchów polinukleotydowych splecionych wokół wspólnej osi w prawoskrętną podwójną helisę.
Łańcuchy są antyrównoległe: jeden biegnie w kierunku od końca do (), a drugi od do ().
Szkielet cukrowo-fosforanowy znajduje się na zewnątrz helisy, natomiast zasady azotowe skierowane są do wewnątrz.
Łańcuchy łączy reguła komplementarności zasad z udziałem wiązań wodorowych:
Adenina łączy się podwójnym wiązaniem wodorowym z tyminą (, w RNA: ),
Guanina łączy się potrójnym wiązaniem wodorowym z cytozyną ().
Reguła Chargaffa: w dwuniciowym DNA molowa zawartość adeniny jest równa zawartości tyminy (), a guaniny zawartości cytozyny (); stosunek puryn do pirymidyn wynosi dokładnie .
Regiony bogate w pary charakteryzują się wyższą temperaturą topnienia helisy () ze względu na obecność trzech wiązań wodorowych.
Formy i rodzaje RNA:
Kwas rybonukleinowy jest w przeważającej większości jednoniciowy (), a zamiast deoksyrybozy zawiera rybozę, a zamiast tyminy – uracyl.
mRNA (matrycowy / informacyjny RNA): przenosi przepisaną z DNA informację genetyczną o sekwencji aminokwasów z jądra komórkowego na rybosomy w cytoplazmie.
rRNA (rybosomalny RNA): syntetyzowany w jąderku; buduje podjednostki rybosomów; wykazuje aktywność katalityczną (rybozym – np. transferaza peptydylowa tworząca wiązanie peptydowe).
tRNA (transportujący RNA): o strukturze przestrzennej przypominającej liść koniczyny; transportuje specyficzne aminokwasy na rybosomy; zawiera ramię antykodonowe z trójką nukleotydów (antykodonem) komplementarną do kodonu na mRNA oraz ramię akceptorowe z sekwencją wiążącą aminokwas.
Drobne jądrowe RNA (snRNA, siRNA, miRNA) – biorą udział w procesach dojrzewania transkryptów (splicing) i potranskrypcyjnej regulacji ekspresji genów.
Trifosfonukleozydy jako uniwersalne nośniki energii:
Zbudowane z zasady azotowej, rybozy i trzech reszt fosforanowych(V).
Pomiędzy pierwszą a drugą oraz drugą a trzecią resztą fosforanową występują niestabilne, wysokoenergetyczne wiązania bezwodnikowe (fosforanowe).

Hydroliza wiązania bezwodnikowego w uwalnia standardowo około energii swobodnej:
\text{ATP} + \text{H}_2\text{O} \rightarrow \text{ADP} + \text{P}_i + \text{energia} \quad (\Delta G^∘' = -30{,}5\,\text{kJ/mol})
\text{ADP} + \text{H}_2\text{O} \rightarrow \text{AMP} + \text{P}_i + \text{energia} \quad (\Delta G^∘' = -30{,}5\,\text{kJ/mol})
dostarcza energii m.in. w biosyntezie białka (translacji) i cyklu Krebsa; w biosyntezie lipidów; w biosyntezie polisacharydów (np. glikogenu).
Dinukleotydy jako kofaktory oksydoredukcyjne:
(dinukleotyd nikotynamidoadeninowy): utleniona forma przyjmuje dwa elektrony i jeden proton (), ulegając redukcji do w procesach katabolicznych (glikoliza, reakcja pomostowa, cykl Krebsa, -oksydacja).
(fosforan dinukleotydu nikotynamidoadeninowego): zredukowana forma () dostarcza siły redukcyjnej w procesach anabolicznych (faza ciemna fotosyntezy, synteza kwasów tłuszczowych i cholesterolu).
(dinukleotyd flawinoadeninowy): grupa prostetyczna dehydrogenaz; przyjmuje dwa atomy wodoru (), redukując się do m.in. w cyklu Krebsa i -oksydacji.
Witaminy i ich znaczenie fizjologiczne
Definicja i charakterystyka witamin:
Witaminy to niskocząsteczkowe organiczne substancje egzogenne o zróżnicowanej budowie, niezbędne do prawidłowego przebiegu procesów metabolicznych, których organizm człowieka nie potrafi syntetyzować (lub syntetyzuje w niewystarczających ilościach).
Nie pełnią funkcji budulcowych ani energetycznych; działają jako prekursory koenzymów (witaminy prostetyczne) lub regulatory ekspresji genów i procesów fizjologicznych (witaminy indukcyjne).
Podział witamin ze względu na rozpuszczalność:

Witaminy rozpuszczalne w tłuszczach (, , , ):
Wchłaniają się w przewodzie pokarmowym w obecności tłuszczów i kwasów żółciowych.
Mogą być magazynowane w tkance tłuszczowej i wątrobie.
Ich nadmierna podaż prowadzi do hiperwitaminozy o działaniu toksycznym.
Witaminy rozpuszczalne w wodzie (witaminy z grupy oraz witamina ):
Nie są magazynowane w organizmie (z wyjątkiem witaminy kumulowanej w wątrobie).
Nadmiar jest szybko usuwany z moczem przez nerki, stąd rzadko dochodzi do ich przedawkowania, a regularna podaż z dietą jest konieczna.
Prowitaminy i antywitaminy:
Prowitaminy: nieaktywne chemicznie związki przekształcane w organizmie pod wpływem enzymów lub czynników fizycznych w aktywną postać witaminy:
-karoten pod wpływem enzymów śluzówki jelita i wątroby ulega symetrycznemu rozszczepieniu do retinolu (witamina ).
7-dehydrocholesterol w keratynocytach naskórka pod wpływem promieniowania ultrafioletowego (UV-B) ulega fotolizie do cholekalcyferolu (witamina ).
Antywitaminy: związki o strukturze zbliżonej do cząsteczki danej witaminy, konkurujące z nią o miejsce aktywne w enzymie lub inaktywujące ją poprzez wiązanie, co hamuje szlak metaboliczny (np. awidyna z surowego białka jaja wiąże biotynę; antywitaminą witaminy jest dikumarol; antagonistą kwasu foliowego jest lek cytostatyczny metotreksat).
Szczegółowa charakterystyka witamin rozpuszczalnych w wodzie:
Witamina (tiamina): koenzym (pirofosforan tiaminy – TPP) w dekarboksylacji oksydacyjnej -ketokwasów (pirogronianu i -ketoglutaranu); źródła: pełne ziarna zbóż, drożdże, mięso wieprzowe; niedobór: choroba beri-beri (polineuropatia, uszkodzenie nerwów obwodowych, zanik mięśni, niewydolność krążenia).
Witamina (ryboflawina): składnik dinukleotydów FMN i FAD; źródła: mleko, jaja, drożdże, wątroba; niedobór: stany zapalne kącików ust (zajady, cheilosis), łojotokowe zapalenie skóry, zapalenie języka.
Witamina / (niacyna, kwas nikotynowy): składnik koenzymów i ; źródła: mięso, ryby, orzechy, nasiona roślin strączkowych; niedobór: pelagra (rumień lombardzki objawiający się zespołem 3D: dermatitis – zapalenie skóry, diarrhea – biegunka, dementia – otępienie).
Witamina (kwas pantotenowy): składnik koenzymu A () i białka przenoszącego grupy acylowe (ACP), kluczowa w cyklu Krebsa i biosyntezie lipidów; źródła: powszechna w żywności (wątroba, jaja, drożdże); niedobór spotykany wyjątkowo rzadko.
Witamina (pirydoksyna): koenzym (fosforan pirydoksalu – PLP) aminotransferaz w reakcjach transaminacji i dekarboksylacji aminokwasów oraz syntezie hemu; źródła: drób, ryby, drożdże, orzechy; niedobór: drgawki, niedokrwistość mikrocytarna, neuropatie obwodowe.
Witamina / (biotyna): koenzym karboksylaz w reakcjach przenoszenia grup karboksylowych (karboksylaza pirogronianowa, acetylo-CoA); źródła: żółtko jaj, wątroba, orzechy, synteza bakteryjna; niedobór: wypadanie włosów, stany zapalne skóry, bóle mięśniowe.
Witamina / (kwas foliowy): koenzym (tetrahydrofolian – THF) w przenoszeniu grup jednowęglowych (metylacja, biosynteza zasad purynowych i tymidyny w DNA); źródła: zielone warzywa liściaste (szpinak), wątroba, drożdże; niedobór: anemia megaloblastyczna, wady cewy nerwowej u płodu (rozszczep kręgosłupa, bezmózgowie) w przypadku niedoboru u kobiet w ciąży.
Witamina (kobalamina): uczestniczy w powstawaniu kwasów nukleinowych i erytropoezie, kofaktor syntazy metioninowej; do wchłaniania w jelicie krętym niezbędny jest czynnik wewnętrzny Castle’a (IF) wydzielany przez komórki okładzinowe żołądka; źródła: wyłącznie produkty zwierzęce (mięso, wątroba, ryby, jaja); niedobór: anemia złośliwa (Addisona-Biermera), nieodwracalne uszkodzenia układu nerwowego.
Witamina (kwas askorbinowy): kofaktor hydroksylazy prolinowej i lizynowej w biosyntezie kolagenu; silny antyoksydant; ułatwia wchłanianie niehemowego żelaza w przewodzie pokarmowym; źródła: owoce cytrusowe, czarna porzeczka, papryka, owoce róży; niedobór: szkorbut (krwawienia z dziąseł, wypadanie zębów, pękanie naczyń krwionośnych, zaburzenia gojenia ran, osłabienie kości).
Szczegółowa charakterystyka witamin rozpuszczalnych w tłuszczach:
Witamina (retinol i jego pochodne): retinal łączy się z opsyną w pręcikach siatkówki, tworząc rodopsynę (barwnik wzrokowy wrażliwy na zmierzch); reguluje różnicowanie komórek nabłonkowych; antyoksydant; źródła: tran, wątroba, masło, marchew (-karoten); niedobór: kurza ślepota (ślepota zmierzchowa), kseroftalmia (zespół suchego oka, rogowacenie rogówki), łuszczenie naskórka; nadmiar: hepatomegalia, teratogeneza u płodów, wypadanie włosów.
Witamina (cholekalcyferol / kalcytriol): stymuluje transkrypcję białek transportujących jony wapnia w enterocytach, zwiększając wchłanianie i w jelicie cienkim; wzmaga mineralizację kości; źródła: tłuste ryby morskie, tran, synteza skórna pod wpływem UV; niedobór: krzywica u dzieci (deformacje układu kostnego), osteomalacja (rozmiękanie kości) i osteoporoza u dorosłych; nadmiar: hiperkalcemia, wapnienie przerzutowe w nerkach i ścianach tętnic.
Witamina (tokoferol): główny przeciwutleniacz hydrofobowy, wbudowuje się w błony biologiczne i chroni wielonienasycone kwasy tłuszczowe przed peroksydacją lipidów przez wolne rodniki; źródła: oleje roślinne, orzechy, kiełki pszenicy; niedobór: anemia hemolityczna (zwiększona kruchość erytrocytów), zanik mięśni, zaburzenia spermatogenezy.
Witamina (filochinon, menachinon): kofaktor karboksylazy -glutamylowej, warunkuje potranslacyjną modyfikację kwasu glutaminowego w czynnikach krzepnięcia krwi (protrombinie – czynnik II, czynnikach VII, IX, X); źródła: zielone warzywa (szpinak, kapusta), synteza przez florę bakteryjną jelita grubego; niedobór (np. po długotrwałej antybiotykoterapii lub przy zablokowaniu wydzielania żółci): wydłużony czas krzepnięcia, skaza krwotoczna, krwawienia wewnętrzne.
Enzymologia i kinetyka reakcji biochemicznych
Struktura i mechanizm działania biokatalizatorów:
Enzymy to w przeważającej większości specyficzne białka o strukturze co najmniej III-rzędowej (wyjątek stanowią katalityczne kwasy nukleinowe: rybozymy i deoksyrybozymy).
Przyspieszają reakcje chemiczne o rzędy wielkości poprzez obniżenie energii aktywacji () – bariery energetycznej niezbędnej do zainicjowania reakcji.
Nie wpływają na stan równowagi reakcji chemicznej () ani na zmianę entalpii swobodnej ().
Budowa enzymu:
Apoenzym: część białkowa enzymu.
Kofaktor: niebiałkowy składnik niezbędny do aktywności enzymu (jony metali: , , , lub drobnocząsteczkowe związki organiczne).
Koenzym: luźno związany z apoenzymem kofaktor organiczny (np. , , , witaminy grupy B).
Grupa prostetyczna: trwale (zwykle kowalencyjnie) związany z apoenzymem kofaktor organiczny (np. hem w peroksydazie, FAD w dehydrogenazie bursztynianowej).
Holoenzym: katalitycznie aktywny, kompletny kompleks ().
Centrum aktywne (szczelina katalityczna): ściśle zdefiniowany przestrzenny obszar enzymu utworzony przez łańcuchy boczne specyficznych aminokwasów, odpowiedzialny za wiązanie substratu i przeprowadzenie katalizy (model indukowanego dopasowania Koshlanda).
Kinetyka enzymatyczna i stała Michaelisa ():
Równanie Michaelisa-Menten opisuje zależność szybkości reakcji enzymatycznej () od stężenia substratu ():
Stała Michaelisa (): stężenie substratu, przy którym szybkość reakcji osiąga połowę szybkości maksymalnej (; wyrażana w ).
Jest miarą powinowactwa enzymu do substratu: im mniejsza wartość , tym większe powinowactwo enzymu do substratu (enzym osiąga maksymalną wydajność przy niższym stężeniu substratu).
Wpływ czynników fizykochemicznych na aktywność enzymów:
Stężenie substratu: początkowo szybkość reakcji rośnie liniowo (reakcja I rzędu), po wysyceniu wszystkich centrów aktywnych enzymu szybkość osiąga plateau (, reakcja 0 rzędu).
Temperatura: wzrost temperatury o każde początkowo podwaja szybkość reakcji chemicznej () wskutek wzrostu energii kinetycznej cząsteczek. Po przekroczeniu optimum termicznego (dla enzymów ludzkich ) następuje gwałtowny spadek aktywności w wyniku termicznej denaturacji białka enzymatycznego.
Odczyn środowiska (): każdy enzym posiada specyficzne optimum , w którym stan jonizacji grup katalitycznych w centrum aktywnym jest optymalny dla wiązania substratu:
Pepsyna (żołądek): ,
Amylaza ślinowa (jama ustna): ,
Trypsyna i amylaza trzustkowa (dwunastnica): .
Inhibicja enzymatyczna:

Inhibicja kompetycyjna:
Inhibitor wykazuje strukturalne podobieństwo do substratu i współzawodniczy z nim o związanie w centrum aktywnym enzymu.
Powstaje kompleks enzym-inhibitor (), co uniemożliwia wiązanie substratu.
Zwiększa pozorną wartość stałej Michaelisa ( rośnie), gdyż zmniejsza się powinowactwo enzymu do substratu.
Szybkość maksymalna () pozostaje bez zmian – inhibicję można całkowicie znieść przez znaczne zwiększenie stężenia substratu.
Przykład medyczny 1: leczenie zatrucia metanolem przez podanie etanolu. Dehydrogenaza alkoholowa wykazuje znacznie wyższe powinowactwo do etanolu niż do metanolu. Etanol kompetycyjnie blokuje utlenianie metanolu do toksycznego formaldehydu i kwasu mrówkowego, umożliwiając wydalenie metanolu w postaci niezmienionej przez nerki i płuca.
Przykład medyczny 2: metotreksat (lek przeciwnowotworowy) wiąże się z centrum aktywnym reduktazy dihydrofoliowej razy silniej niż kwas foliowy, hamując syntezę tymidyny i replikację DNA w szybko dzielących się komórkach nowotworowych.
Inhibicja niekompetycyjna:
Inhibitor wiąże się w miejscu allosterycznym enzymu (poza centrum aktywnym), niezależnie od tego, czy substrat jest związany.
Wiązanie powoduje zmianę konformacji przestrzennej białka, unieczynniając katalitycznie centrum aktywne.
Wartość stałej Michaelisa () nie ulega zmianie (powinowactwo do substratu jest zachowane).
Szybkość maksymalna () ulega obniżeniu – nadmiar substratu nie odwraca tego typu inhibicji.
Przykład: jony metali ciężkich (, , ) blokujące grupy sulfhydrylowe ().
Regulacja allosteryczna i zymogeny:
Enzymy allosteryczne: posiadają oprócz centrum aktywnego dodatkowe centrum regulatorowe (allosteryczne), do którego przyłączają się efektory (modulatory):
Efektor dodatni (aktywator): stabilizuje konformację o wysokim powinowactwie do substratu.
Efektor ujemny (inhibitor allosteryczny): indukuje zmianę konformacyjną uniemożliwiającą katalizę.
Sprzężenie zwrotne ujemne (hamowanie przez produkt końcowy / retroinhibition): ostateczny produkt szlaku metabolicznego działa jako allosteryczny inhibitor pierwszego enzymu w tym szlaku, co zapobiega nadmiernemu gromadzeniu się metabolitów i oszczędza energię komórki.
Aktywacja proteolityczna (zymogeny / proenzymy): nieaktywne prekursory enzymów proteolitycznych wydzielane przez komórki, co zapobiega samostrawieniu narządów syntetyzujących (np. trzustki). Aktywacja polega na hydrolizie specyficznych wiązań peptydowych i odcięciu fragmentu blokującego (np. aktywacja chymotrypsynogenu do chymotrypsyny przez wycięcie dwóch dipeptydów i utworzenie trzech łańcuchów spiętych mostkami disiarczkowymi).
Integracja metabolizmu i fizjologia biochemiczna
Glikoliza i szlaki beztlenowe:
Glikoliza zachodzi w cytozolu bez udziału tlenu. Jedna cząsteczka glukozy () ulega przekształceniu w dwie cząsteczki pirogronianu () z jednoczesnym zyskiem netto dwóch cząsteczek (fosforylacja substratowa) oraz redukcją dwóch cząsteczek do .
Fosforylacja substratowa: mechanizm powstawania polegający na bezpośrednim przeniesieniu wysokoenergetycznej reszty fosforanowej z ufosforylowanego substratu organicznego (np. kwasu 1,3-bisfosfoglicerynowego lub fosfoenolopirogronianu – PEP) na .
Regeneracja w warunkach beztlenowych:
W warunkach niedoboru tlenu łańcuch oddechowy nie funkcjonuje i dochodzi do wyczerpania zapasu utlenionego , co zablokowałoby glikolizę i zatrzymało syntezę .
Fermentacja mlekowa: enzym dehydrogenaza mleczanowa redukuje pirogronian bezpośrednio do kwasu mlekowego (mleczanu), utleniając do .
Fermentacja alkoholowa (drożdże): pirogronian ulega dekarboksylacji przez dekarboksylazę pirogronianową do aldehydu octowego z wydzieleniem , po czym dehydrogenaza alkoholowa redukuje aldehyd octowy do etanolu z jednoczesnym odtworzeniem .
Cykl Corich (współpraca metaboliczna mięśni i wątroby):
W trakcie intensywnego wysiłku fizycznego we włóknach mięśni szkieletowych zapotrzebowanie na przewyższa możliwości transportu tlenu, w wyniku czego komórki mięśniowe przechodzą na glikolizę beztlenową, redukując pirogronian do kwasu mlekowego.
Kwas mlekowy dyfunduje do krwi i jest transportowany żyłami do wątroby.
W hepatocytach wątroby kwas mlekowy zostaje powtórnie utleniony do pirogronianu, a następnie w procesie glukoneogenezy (kosztem energii z ) przekształcony z powrotem w glukozę.
Wyprodukowana w wątrobie glukoza jest uwalniana do krwiobiegu i transportowana powrotnie do pracujących mięśni lub zmagazynowana w postaci glikogenu.
Hormonalna kontrola homeostazy glukozy:
Insulina: hormon peptydowy syntetyzowany przez komórki wysepek Langerhansa trzustki w odpowiedzi na hiperglikemię (podwyższone stężenie glukozy we krwi po posiłku):
Stymuluje translokację transporterów GLUT4 do błony komórek mięśniowych i tłuszczowych, zwiększając dokomórkowy wychwyt glukozy,
Aktywuje syntazę glikogenową w wątrobie i mięśniach, promując glikogenogenezę,
Stymuluje lipogenezę (przekształcanie nadmiaru glukozy w kwasy tłuszczowe i trójglicerydy),
Skutek: obniżenie stężenia glukozy we krwi do wartości referencyjnych ().
Glukagon: hormon polipeptydowy wydzielany przez komórki trzustki w warunkach hipoglikemii (na czczo, podczas długotrwałego wysiłku fizycznego):
Działa na receptory hepatocytów wątroby, stymulując kaskadę fosforylazy glikogenowej (glikogenoliza – rozpad glikogenu do glukozy),
Indukuje glukoneogenezę (syntezę glukozy ze związków niecukrowych: mleczanu, glicerolu, aminokwasów glukogennych),
Skutek: podwyższenie stężenia glukozy we krwi.
Antagonistyczne działanie obu hormonów zapobiega wahaniom glikemii i chroni ośrodkowy układ nerwowy przed hipoglikemią (mózgowie jest bezwzględnie uzależnione od stałego dopływu glukozy).
Biochemia transportu gazów oddechowych:
Hemoglobina (): chromoproteina o strukturze IV-rzędowej złożona z 4 łańcuchów polipeptydowych, z których każdy zawiera cząsteczkę hemu z centralnym jonem żelaza na drugim stopniu utlenienia ().
Wiązanie tlenu ma charakter utlenowania (oksygenacji), a nie utlenienia ( nie zmienia stopnia utlenienia):
Wykazuje zjawisko kooperatywności dodatniej: przyłączenie pierwszej cząsteczki indukuje zmianę konformacji przestrzennej tetrameru z formy ścisłej ( – o niskim powinowactwie) w formę zrelaksowaną ( – o wysokim powinowactwie), co ułatwia wiązanie kolejnych cząsteczek tlenu (sigmoidalny kształt krzywej dysocjacji).
Efekt Bohra: powinowactwo hemoglobiny do tlenu zależy od środowiska i ciśnienia parcjalnego :

W tkankach o intensywnym metabolizmie (pracujące mięśnie) wydzielany pod wpływem anhydrazy węglanowej w erytrocytach reaguje z wodą, tworząc kwas węglowy (), który dysocjuje na protony () i aniony wodorowęglanowe ():
- Wzrost stężenia jonów wodorowych () stabilizuje formę hemoglobiny, powodując spadek jej powinowactwa do tlenu i ułatwiając oddawanie metabolizującym komórkom (przesunięcie krzywej nasycenia w prawo).
- Około dwutlenku węgla transportowane jest w osoczu krwi w postaci jonów wodorowęglanowych (), w postaci karbaminohemoglobiny ( – związany z grupami aminowymi białka), a w postaci fizycznie rozpuszczonej w osoczu.
Biochemia grup krwi układu ABO:
Oparta na obecności specyficznych antygenów glikolipidowych i glikoproteinowych wbudowanych w zewnętrzną warstwę błony komórkowej erytrocytów oraz naturalnych przeciwciał (aglutynin klasy IgM) obecnych w osoczu krwi:
Grupa A: na krwinkach obecny antygen A; w osoczu obecne przeciwciała anty-B (),
Grupa B: na krwinkach obecny antygen B; w osoczu obecne przeciwciała anty-A (),
Grupa AB: na krwinkach obecne antygeny A i B; w osoczu brak przeciwciał,
Grupa 0: brak antygenów A i B na erytrocytach (obecny jedynie prekursorowy antygen H); w osoczu obecne przeciwciała anty-A () i anty-B ().
Aglutynacja: w przypadku przetoczenia niezgodnej grupowo krwi, przeciwciała biorcy wiążą się wielopunktowo z antygenami na krwinkach dawcy, prowadząc do ich zlepiania (aglutynacji) i następczej hemolizy wewnątrznaczyniowej, co stwarza bezpośrednie zagrożenie życia (wstrząs poprzetoczeniowy, ostra niewydolność nerek).
Model budowy błony komórkowej i transport błonowy:
Płynna mozaika (model Singera-Nicolsona): asymetryczna dwuwarstwa fosfolipidowa, w której zanurzone są białka integralne (transbłonowe) oraz powierzchniowe (peryferyjne).

Transport bierny (pasywny): zachodzi zgodnie z gradientem stężeń (lub elektrochemicznym) bez nakładu energii metabolicznej ():
Dyfuzja prosta: transport małych cząsteczek niepolarnych (, , azot) oraz rozpuszczalników przez dwuwarstwę,
Dyfuzja ułatwiona: transport cząsteczek polarnych (glukoza, aminokwasy) oraz jonów za pośrednictwem białek nośnikowych (transporterów) lub kanałów jonowych.
Transport aktywny (czynny): zachodzi wbrew gradientowi stężeń z nakładem energii metabolicznej:
Pierwotny: bezpośrednia hydroliza przez pompy jonowe (np. pompa sodowo-potasowa -ATPaza transportująca na zewnątrz i do wnętrza komórki na każdy zhydrolizowany ),
Wtórny: wykorzystuje energię gradientu elektrochemicznego wytworzonego przez transport pierwotny (np. symport glukozy z sodem SGLT1).
Liposomy w terapii celowanej: pęcherzyki fosfolipidowe o budowie identycznej z błoną komórkową mogą zawierać leki rozpuszczalne w wodzie (we wnętrzu) lub w tłuszczach (w dwuwarstwie); obecność swoistych ligandów białkowych na powierzchni liposomu pozwala na ich fuzję wyłącznie z komórkami docelowymi posiadającymi specyficzny receptor (np. komórkami nowotworowymi), co zwiększa skuteczność terapii i minimalizuje objawy ogólnoustrojowe.