begrippenlijst erfelijkheidsleer

Quizlet van libeychan

1 cM

gen afstand waarbinnen 1% van de gevallen 1 recombinatie plaatsvindt per meiose

1 Morgan

lengte chromosoom waarbinnen gemiddeld 1 recombinatie (CO) plaatsvindt per meiose

1-kleur fish

werken met 1 probe in 1 kleur

2-kleur fish

werken met 2 probes in 2 kleuren

3' polyadenylatie

na de cleavage: het toevoegen van aan lange sequentie adenines aan het 3' uiteinde.

5' capping

- kort na de intiatie van de synthese van primaire RNA transcripten.
- het blokeren van 5' uiteinde (kop) van de primaire DNA door het toevoegen van 7-methylguanosine aan de eerste nucleotide door middel van een speciale phosphodiëster aan de eerste nucleotide.

AFP

Alfa Foeto Protein

Allel

voor elk gen op een autosoom (niet-geslachtchromosoom) heeft elk individu 2 exemplaren of allelen. De 2 allelen van een gen zijn gelegen op elk van de beide homologe chromosomen. Voor een bepaalde genlocus, heeft elk individu 2 allelen: deze 2 allelen vormen het genotype voor een bepaalde genlocus in een individu.

allelische heterogeniteit

vele verschillende ziekte veroorzakende allelen zijn mogelijk op één locus (mutaties verspreid over heel genoom die ziekte kunnen veroorzaken)

Aneuploide

elk ander aantal chromosomen (verlies/winst van chromosomen): meest voorkomend

angiogenese

stimulering van bloedvatvorming (vorming van nieuwe bloedvaten vanuit bestaande bloedvaten).

annealen

50-65 graden, toevoegen van primers, binden van de 2 primers of startsequentie aan de DNA-sequentie die men wil kopiëren

anticipatie

het fenomeen waarbij de aandoening in opeenvolgende generaties sneller (vroegere aanvangsleeftijd: age of onset) en/of ernstiger optreedt. Dit fenomeen kan verklaard worden door expansie van trinucleotide repeatsequenties.

anticodon

specifieke zijde op elke tRNA molecule: codon welke complementair is aan een specifiek codon op het mRNA.

apoptose

geprogrammeerde celdood

ART

Assisted Reproduction Technology

Autosomen

alles behalve de gelachtschromosomen

basecomplementariteit

telkens staat een pruinebase tegenover een pyrimidinebase gericht.

basen

de basen behoren tot 2 groepen: de pyrimidinebasen en de purinebasen

bave's theorema

bij de berekening van de uiteindelijke kans wordt rekening gehouden met anterieure en posterieure informatie

BMD (Becker Musculaire Dystrofie)

latere aanvang van spierzwakte. Komt door in-frame mutaties.

CA (congenitale afwijking)

vanaf de geboorte aanwezig

carcinomen

tumoren uitgaande van epitheliaal weefsel (darm, bronchi, borstklier)

causale/ziekteveroorzakende/pathogene mutatie

wanneer een variant leidt tot een fenotype of een erfelijke ziekte.

cDNA

afkomstig van mRNA, is veel eenvoudiger doelwit om te analyseren, omdat de intronen hieruit verwijderd zijn door RNA processing

Celcyclus

elke proliferende somatische cel doorloopt een celcyclus (mitotische fase, G1, S-fase, G2)

Centrale dogma van de moleculaire biologie:

Flow van informatie:
- DNA dirigeert de synthese en sequentie van RNA
- RNA dirigeert de synthese en sequentie van de polypeptiden en eiwitten betrokken in synthese van DNA en RNA.

Centromeer

knikking tussen korte en lange arm van een chromosoom

Centrosoom

2 centriolen en microtubili (kleine celorganellen van waaruit spoelfiguur zal gevormd worden)

CGH \= Comparative Genomic Hybridization (vergelijkende genoom hybridisatie)

dit is een techniek die gebruikt wordt om het verschil in hoeveelheid van een bepaald DNA fragment tussen 2 DNA stalen te meten. Het totale DNA (23 chromosomen paren) van het ene staal (van een normale cel) wordt gemerkt met een rode fluorescente stof en het DNA van het andere staal (vb. patiëntenstaal) wordt gemerkt met een groene fluorescente stof. Deze twee DNA stalen worden vervolgens gebruikt als probe voor FISH-analyse om in gelijke hoeveelheid toegevoegd aan preparaten met normale metafase chromosomen.

Chromatine

bij de cel in rust is her erfelijk materiaal in de kern amorf en spreekt men eerder over chromatine dan over chromosomen.

chromatinevezel

de nucleosoomvezel die zich verder oprolt in een helixvormige structuur. Elke winding van de chromatinevezel telt ongeveer 6 nucleosomen (reductie tot 1/5 van de lengte). De chromatine vormt verder lussen door zich vast te hechten (ongeveer om de 100kb \= 1000bp) aan een centrale steiger of scaffold.

Chromosomen

bij de mitose: condensatie van erfelijk materiaal -\> chromosomen

Chromosoom

gecondenseerd chromatide: een sterk opgewonden dubbelstrengige DNA-molecule rond een eiwittencomplex

Chromosoom

gelegen in celkern, bevat erfelijk materiaal

chromosoom mutatie

verandering van de structuur van de individuele chromosomen ("chromosome rearrangement") vb. translocatie, duplicatie, deletie, inversie.

Cis-acting elementen

al deze DNA sequenties die belangrijk zijn voor de regulatie en/of initiatie van de transcriptie. Ze liggen op hetzelfde chromosoom.

Codominant

wanneer men de expressie van elk allel op zich kan detecteren

Codon

set van 3 basen

Colchicine (om cellen te stoppen in metafas)

inhibeert de vorming van microtubuli (spoelfiguur) in de metafase van de mitose

Compartementalisatie

het DNA is gescheiden van het cytoplasma door het kernmembraan (DNA omvat genetische info, wordt gebundeld in de chromosomen gelegen in de celkern, eiwitsynthese aan de hand van info gecodeerd in DNA gebeurt in het cytoplasma)

compound heterozygoot

2 verschillende allelen op de kopijen van een bepaaldegenlocus (2verschillende kopijen van het mutant allel). Op beide allelen is er dus een mutatie, maar een verschillende.

conditionele probabiliteit

probabiliteit op de posterieure info gegeven een bepaalde voorwaarde

consanguïniteit

bloedverwantschap: relatie tussen 2 personen die een gemeenschappelijke voorouder hebben

Cytogenetica

studie van de chromosomen

de 'coderende' of 'sense' streng

de niet overgeschreven 5' -\> 3' streng: de polariteit en basesequentie van de RNA streng stem hiermee sterk overeen

de 'niet coderende' of 'antisense'

streng: de 3' -\> 5' overgeschreven DNA streng

de additieve wet (law of addition)

wanneer ofwel gebeurtenis 1 ofwel gebeurtenis 2 kan voorkomen (maar nooit samen) en wanneer de kans op gebeurtenis 1 \= P1 en de kans op gebeurtenis 2 \= P2, dan is de kans dat ofwel P \= P1 + P2

de complementaire basen zijn vastgehecht door waterstofbruggen

A-T: 2 bruggen en G-C: 3 bruggen

de multiplicatieve wet (law of multiplication)

wanneer gebeurtenis en gebeurtenis onafhankelijk van elkaar kunnen optreden en wanneer de kans op gebeurtenis 1 gelijk is aan P1 en de kans op gebeurtenis 2 gelijk is aan P2, dan is de kans dat zowel gebeurtenis 1 als gebeurtenis 2 optreedt: P \= P1 x P2

deletie (ongebalanceerd)

verlies van een chromosomaal fragment. De drager van een deletie is monosoom voor het deel van het genoom.

deleties/inserties

verlies of aanwinst van één of meer nucleotiden

denaturatie

95 graden, smelten van het DNA tot 2 enkelstrengen

deze basen staan onderling complementair

A paart met T en G paart met C

Diploïde genoom

de celkern van een humane somatische cel bevat 23 paar chromosomen

directe mutatiedetectie

de ziekte is veroorzaakt door één of klein aantal goed gekarakteriseerde mutaties. De strategie voor detectie van dergelijke mutaties is gericht op directe mutatiedetectie van specifieke mutaties.

directe sequenering

(gouden standaard) het bepalen van de basenvolgorde van een DNA sequentie. Elk base 1 voor 1 in detail bekijken. Door directe sequenering van een PCR product verkrijgt men informatie over de aard en de precieze localisatie van een mutatie. Lange leeslengte (500-1000bp) sequenering wordt door toenemende robotisering steeds minder arbeidsintensief, maar blijft vrij duur. Het is niet geschikt voor detectie van grote deleties

DMD (Duchenne Musculaire Dystrofie)

aanvang vroege kinderleeftijd, patiënten rolstoel 12jaar komt door een frameshift of nonsense mutaties: ernstig getrunceerd dystrofine protein (te weinig eiwit)

DNA

deoxyribonucleïnezuur: deoxyribonucleotide met de basen A, C, G, T

DNA polymorfismen

variaties in de DNA sequentie tussen elk individu die geen klinisch belang hebben

DNA-ligase

verbindt de Okazaki fragmenten ('lijm')

DNA-polymerase

zorgt voor aanmaak complementaire streng

DNA-replicatie:

fase waarin DNA verdubbeld wordt: wanneer cellen delen krijgen beide dochtercellen een foutloze kopie (op een paar mutaties na). Tijdens S-fase van ieder celcyclus wordt een exacte kopij gemaakt van het DNA dat in ieder chromosoom aanwezig is. Het complementair zijn van de ketens is essentieel voor de DNA-replicatie

dominant negatief effect

verlies van normale eiwitfunctie + antagonisme van mutant genproduct met normale genproduct (bij heterozygoten).

Dominante overerving

zodra één van beide allelen afwijkend is: expressie van het afwijkende allel. Er is erticale transmissie in de stamboom (elke aangestaste persoon heeft een aangetaste ouder). Expressie bij de heterozygoten (en dus ook bij homozygoten) van het afwijkend allel.

dubbele helix

bij de vorming van DNA worden de nucleotiden draadvormig aan elkaar geregen om een soort ketting (polymeer) te vormen. De stikstofhoudende bases van de twee kettingen (A, T, C, G) liggen aan de binnenkant tegen elkaar. De suikers en fosforzuurverbindingen zijn aan de buitenkant gelegen. Op chemisch niveau: 3'-begin en 5'-einde. Hiervoor krijgt het het polymeer een richting die een belang is om te begrijpen hoe erfelijke info precies wordt afgelezen. De twee kettingen zijn anti-parallel: de ene loopt in de 5'-3' richting, de ander in de 3'-5' richting. Beide spiralen worden samengehouden door de vorming van waterstofbruggen tussen de N-bevattende basen.

duplicatie

speciale vorm van insertie: wanneer een DNA fragment verdubbeld wordt

Duplicatie (ongebalanceerd)

verdubbeling (de winst) van een chromosomaal fragment. De drager is trisomisch voor een deel van het genoom.

Dynamische mutatie

kunnen zich instabiel gedragen tijdens de meiose. In een normaal individu zijn deze triplet repeats vrij kort (bv. 20 à 30 repeats). tijdens de meiose kunnen deze repeats expanderen en aanleiding geven tot een grotere repeat in een volgende generatie. Afhankelijk van de locatie in het genoom kan dit leiden tet een fenotype (ziekte).

dysplasie

weefsel vertoont afwijkingen in vorm en oriëntatie

elongatie

72 graden, deze primers worden in elongatiestap verlengd aan hun 3' uiteinde door de inbouw van de DNA-bouwstenen met behulp van DNA-polymerase

enhancers

andere DNA sequentie: stimuleren ook de transcriptie en liggen vaak enkele kb van het gen. Kunnen zowel 5' als 3' van de startplaats gelegen zijn.

eukaryoot

bij dit organisme ligt het DNA in de celkern (vb. de mens)

Euploid

een exact veelvoud van het haploid chromosomenaantal 23 (vb. 46 \= diploide \= 2n)

exclusietest (uitsluitingstest)

het doel hiervan is om aan toekomstige ouders met 50% risico op de ziekte de kans te geven om het risico voor hun kinderen uit te sluiten zonder hun eigen risico te kennen

Exonen

coderende stukken DNA (-paragrafen)

Exoom

alle coderende sequenties of exons van een genoom (1%;30Mb)

FAP (Familiaal Polyposis Coli)

germinale mutatie in één van beide allelen van het APC gen.

fenotype

de uiterlijke kenmerken, het ziektebeeld, de uitwendige verschijnselen als resultaat van de interactie tussen het genotype en de omgeving

Fiber fish

chromosomen worden gelyseerd op het preparaat en dan wordt het DNA uitgerokken op het preparaat. Na FISH zal de probe hybridiseren op het DNA in een parelsnoervormig patroon. Deze techniek wordt vaak gebruikt voor het localiseren van welbepaalde genen.

FISH

fluorescentie in situ hybridisatie

frameshift

verschuiving in het leesraam: treedt op wanneer de deletie of insertie geen veelvoud is van 3 nucleotiden

gain of function mutaties

leiden tot toename van de normale eiwitfunctie

gebalanceerd structuur

geen netto winst of verlies van chromosoommateriaal. een gebalanseerde afwijking is niet geassocieerd met fenotypische afwijkingen omdat al het chomosoommateriaal aanwezig is, zelfs wanneer het op een andere wijze is georderd.

gel electroforese

lengte van PCR product verifiëren: DNA fragmenten worden gescheiden op basis van de grootte. Het kleinste fragment migreert het snelst (onderaan de gel), het grootste fragment het laagste (bovenaan de gel). Deze fragmenten worden vervolgens gekleurd door middel van ethidium bromide en gevisualiseerd met UV licht. zo weet men of de PCR reactie geslaagd is. Deze fragmenten kunnen nu verder geanalyseerd worden (vb. door sequenering).

gen

sequentie van chromosomaal DNA dat nodig is voor de aanmaakt van een functioneel product: een eiwit (polypeptide) of een functionele RNA molecule.

Gen

stukje DNA dat code bevat voor productie van een eiwit.

Genen

DNA-segmenten die genetische informatie dragen, erfelijk materiaal (-22.000)

genetic couseling

gesprek waarin informatie wordt gegeven aan een individu met een (vermoeden van) genetische aandoening of met een (eventueel) risico op een genetische aandoening bij zichzelf of zijn nakomelingen. De consultant is dus niet steeds de patiënt

genetische testing

testen van een gezond individu. onderzoek naar veranderingen in het genetisch materiaal bij gezonde individuen die inlichtingen willen over hun toekomstige gezondheidstoestand (presymptomatisch onderzoek)of die van hun kinderen (dragerschapsonderzoek).

genomisch DNA (gDNA)

kan bokomen worden uit ongeveer elke bron. Het bevat informatie van de exonen, maar ook potentieel intressante info in sequenties zoals promoters, plice sites (die niet aanwezig zijn in mRNA). Het nadeel van gDNA is dat vele genen groot zijn met een complexe organisatie van intronen en exonen. Wanneer de genstructuur gekend is, kunnen alle axonen geamplifiveerd worden met behulp vanspecifieke primers. Om de aanwezigheid van specifieke mutatie te karakteriseren wordt meestal gDNA gebruikt

Genomische imprinting

verschillen in genexpressie tussen het allel afkomstig van moeder en het allel afkomstig van de vader.

Genoom

beschrijft de combinatie van alle erfelijke factoren, legt het genotype vast voor alle eigenschappen (vb. haarkleur, kleur ogen, ...)

Genoom

genenbestand van een organisme (geheel van erfelijke info in een cel)

genoom mutaties

verandering van het aantal intacte chromosomen in een cel (door chromosoom missegregatie tijdens meiose of mitose), aneuploidie.

genotype

genetische constitutie van een organisme

germinale of constitutionele mutatie

de mutatie komt voor in alle lichaamcellen, inclusief de germinale cellen (gameten). Deze mutatie kan doorgegeven worden naar een volgende generatie.

geslachtscellen

eicel en zaadcel (23 chromosomen of haploid of n)

gonadaal mosaïcisme

deze 2 cellijnen zijn aanwezig in de geslachtscellen: de mutatie komt enkel voor in de gonadale cellen. Een individu met gonadaal mosaïcisme (zelf fenotypisch normaal) voor een bepaalde mutatie kan aldus meerdere aangetaste kinderen hebben.

Gonosomen

geslachtschromosomen (X, Y)